El Yuan de Control podrá presentar casos de imputación contra funcionarios públicos, ya sean del Gobierno central o de gobiernos locales, cuando considere que estos han incurrido en ilegalidad o incumplimiento de sus deberes. Según las Enmiendas Constitucionales y la Ley de Control, un caso de imputación deberá ser propuesto por al menos dos miembros del Yuan de Control y requerirá la revisión y decisión favorable de al menos otros nueve miembros, distintos de los proponentes, para que sea formalmente establecido y remitido al Tribunal Disciplinario.
La revisión de los casos de imputación será desempeñada por todos los miembros del Yuan de Control de forma rotatoria y por orden; para cada caso se notificará a trece miembros para que participen, debiendo abstenerse aquellos que tengan alguna relación con el caso. Si el resultado de la revisión fuera la desestimación del caso y los miembros proponentes presentaran una objeción, estos podrán solicitar una segunda revisión, en cuyo caso el expediente se someterá a la deliberación de otros nueve miembros o más para una decisión definitiva.
Al presentar un caso de imputación, si se considera que la conducta ilegal o el incumplimiento de deberes del funcionario es de extrema gravedad y requiere una solución urgente, se podrá notificar al superior jerárquico competente para que proceda con las medidas de auxilio inmediato necesarias. Si la conducta ilegal o el incumplimiento de deberes tuviera carácter penal, se enviará directamente a las autoridades judiciales para su tramitación conforme a la ley. El presidente del Yuan de Control no podrá instruir ni interferir en los casos de imputación. El personal del Yuan de Control no podrá divulgar información sobre los casos de imputación antes de que la revisión haya concluido formalmente.
Cuando el Tribunal Disciplinario reciba el pliego de descargo del funcionario imputado, deberá notificarlo de inmediato al Yuan de Control para que este informe a los miembros proponentes originales. Si estos tuvieran alguna observación, deberán presentarla en un plazo de diez días para su remisión al Tribunal Disciplinario.