El Yuan de Control contará con un secretario general, de rango especial, quien, por orden del presidente, se encargará de los asuntos del Yuan de Control y dirigirá y supervisará al personal subordinado; contará con un vicesecretario general quien, por orden del presidente, asistirá al secretario general en la gestión de los asuntos del Yuan de Control. Contará con entre dos y cuatro consejeros, cinco directores de departamento, cinco subdirectores de departamento, entre 24 y 28 oficiales de investigación, ocho jefes de investigación —cargos desempeñados simultáneamente por oficiales de investigación—, un director del centro de recepción de peticiones, 11 jefes de sección, cuatro consejeros especializados, un analista superior, entre 26 y 31 secretarios, 11 jefes de división, entre 24 y 28 especialistas de investigación, entre 10 y 16 especialistas, dos analistas, dos diseñadores, un administrador, entre 24 y 28 investigadores, entre 20 y 28 oficiales de sección, entre dos y cuatro taquígrafos, entre cuatro y ocho asistentes, dos operadores, entre 10 y 18 administrativos, siete escribientes, un farmacéutico y dos enfermeros.
El Yuan de Control establecerá el Departamento de Asuntos de Control, el Departamento de Investigación de Supervisión, el Departamento de Declaración de Bienes por los Funcionarios Públicos, la Secretaría y el Departamento de Coordinación y Planificación, los cuales se encargarán respectivamente de las siguientes materias, pudiendo organizarse en grupos o divisiones para su funcionamiento:
- Lo relativo a la recepción, tramitación y gestión de las peticiones escritas de los ciudadanos.
- Lo relativo a los asuntos de censura e imputación.
- Lo relativo a la asistencia en la investigación de casos.
- Lo relativo a la declaración de bienes de funcionarios públicos, la aceptación de casos de conflicto de intereses, las declaraciones de donaciones políticas y las solicitudes en materia de cabildeo.
- Lo relativo a las actas de reuniones y a la edición y publicación del boletín oficial.
- Lo relativo a la recepción, envío y custodia de documentos, así como a la custodia de sellos oficiales.
- Lo relativo a la tesorería y administración general.
- Lo relativo a la elaboración de planes integrales, así como a la investigación, desarrollo y evaluación.
- Lo relativo a la planificación integral y gestión de planes informáticos, sistemas de información, equipos de comunicación, seguridad de la información y formación correspondiente.
- Lo relativo a la coordinación, enlace y comunicación con la prensa.
- Otros asuntos relacionados.
El Yuan de Control contará con una oficina de contabilidad, una oficina de estadística, una oficina de personal y una oficina de ética pública, las cuales, de acuerdo con las disposiciones legales, se encargarán respectivamente de los presupuestos, la contabilidad, la estadística, el personal y los asuntos de ética pública; cada una contará con un director. El resto del personal necesario se asignará dentro de los límites de dotación establecidos en la Ley Orgánica del Yuan de Control.