El artículo 95 de la Constitución establece que el Yuan de Control, para el ejercicio de su facultad de supervisión, podrá solicitar al Yuan Ejecutivo y a sus diversos ministerios y consejos la consulta de las órdenes dictadas y de otros documentos relacionados. Asimismo, el artículo 26 de la Ley de Control dispone que el Yuan de Control, en el ejercicio de sus funciones de supervisión, podrá delegar en sus miembros (quienes portarán su credencial de control) o enviar a personal debidamente acreditado a organismos, unidades militares o entidades públicas y privadas para investigar archivos, registros y otros documentos pertinentes, sin que los responsables de dichas entidades o el personal involucrado puedan negarse a ello. La presentación de casos de imputación o de censura contra funcionarios públicos, o de medidas correctivas contra organismos administrativos por parte del Yuan de Control, tiene como premisa la existencia de ilegalidad o incumplimiento de deberes en las actuaciones y gestión de dichos funcionarios u organismos. La determinación de si un funcionario o una medida administrativa ha incurrido efectivamente en ilegalidad o incumplimiento de deberes debe basarse en pruebas concretas y claras. Por lo tanto, la investigación de los casos para descubrir la verdad sobre los hechos de ilegalidad o incumplimiento de deberes constituye la base para que el Yuan de Control presente casos de imputación, censura y medidas correctivas.
Existen tres modalidades de investigación de casos por parte del Yuan de Control: la investigación delegada, la investigación por designación y la investigación de oficio por iniciativa de un miembro. La investigación delegada consiste en encomendar a los organismos pertinentes la investigación de una queja ciudadana o de una parte de un caso en trámite; la investigación por designación es aquella acordada por el pleno o el comité correspondiente, que designará a un miembro del Yuan de Control para la investigación, o bien mediante asignación rotatoria conforme a un orden previamente establecido; por último, la investigación de oficio se produce cuando un miembro del Yuan de Control solicita investigar de forma automática basándose en quejas ciudadanas u otros documentos. En los casos de investigación por designación o de oficio, se designará personal de apoyo para asistir en las labores de investigación.