El sistema de control en China tuvo sus orígenes hace más de dos mil años.
El Padre Fundador de la República de China, Dr. Sun Yat-sen, era partidario de una constitución de cinco poderes para dirigir la revolución china. Tomando los aspectos positivos del sistema occidental de frenos y equilibrios entre los poderes legislativo, ejecutivo y judicial, añadió los dos poderes tradicionales de exámenes y de supervisión (control) del gobierno chino para completar el sistema de los cinco poderes. Al momento de la fundación de la República de China en 1912, el Gobierno provisional con sede en Pekín todavía usaba el sistema de los Tres Poderes de Occidente, con el poder de imputación en manos del Parlamento. Sin embargo, tras la reunificación del país al culminar la Expedición del Norte en 1928, el Gobierno adoptó el sistema de los cinco poderes. El Yuan de Auditoría (審計院) fue establecido en febrero de 1928, pero en febrero de 1931, se formó el Yuan de Control como el máximo organismo de supervisión del Gobierno Nacional, ejerciendo los poderes de auditoría e imputación. Al mismo tiempo, el Yuan de Auditoría fue rebajado a nivel de Ministerio, quedando subordinado al Yuan de Control. En 1937, después de estallar la Guerra Sino-Japonesa, los poderes de censura y recomendación fueron agregados a las funciones del Yuan de Control.
La Constitución de la República de China fue promulgada el 25 de diciembre de 1947. De acuerdo con los reglamentos constitucionales, los primeros miembros del Yuan de Control fueron elegidos por los consejos de representantes provinciales, municipales, tibetanos y mongoles, así como de las comunidades chinas en ultramar. Así, el Yuan de Control fue oficialmente establecido el 5 de junio de 1948, siguiendo a la promulgación de la Constitución.
Al entrar inicialmente en vigor la Constitución, el Yuan de Control estableció oficinas sucursales en varias regiones, sin embargo, esas oficinas fueron suspendidas después que el Gobierno Central fue trasladado desde el territorio continental a Taiwán.
Cuando se convocó la segunda Asamblea Nacional en mayo de 1992, la misma aprobó la Enmienda a la Constitución de la República de China, donde estipulaba que el Yuan de Control estaría compuesto por 29 miembros, incluyendo un presidente y un vicepresidente, todos los cuales servirían por un período de seis años y que serían nominados y, con el consentimiento de la Asamblea Nacional, y designados por el Presidente de la República, en vez de ser electos por los consejos de representantes y los grupos de ultramar como se hacía ante. De acuerdo con esta enmienda constitucional, los miembros del segundo mandato del Yuan de Control, nominados y designados por el Presidente de la República con el consentimiento de la Asamblea Nacional, comenzarían a ejercer sus poderes el 1 de febrero de 1993. La nominación y designación de los miembros del tercer mandato del Yuan de Control se llevarían a cabo en forma similar.
En abril de 2000, la quinta sesión de la tercera Asamblea Nacional hizo una enmienda constitucional, trasfiriendo el poder de consentimiento para los miembros, presidente y vicepresidente del Yuan de Control de la Asamblea Nacional al Yuan Legislativo. Así, los miembros deberán ser nominados y, con el consentimiento del Yuan Legislativo, desiganados por el Presidente de la República, por consiguiente, el cuarto y el quinto mandato del Yuan de Control, son elegidos de acuerdo con este reglamento.