El artículo 96 de la Constitución establece que el Yuan de Control podrá crear varios comités en función de las labores del Yuan Ejecutivo y de sus diversos ministerios y consejos, con el fin de investigar todas sus actuaciones y observar si estas incurren en ilegalidad o incumplimiento de deberes. De acuerdo con el artículo 2 de la Ley Orgánica de los Comités del Yuan de Control, actualmente existen los siguientes siete comités:
- Comité de Asuntos Internos y Étnicos.
- Comité de Asuntos Exteriores y Defensa Nacional.
- Comité de Asuntos de Bienestar Social e Higiene Ambiental.
- Comité de Asuntos Financieros y Económicos.
- Comité de Asuntos Educativos y Culturales.
- Comité de Asuntos de Transporte y Contratación Pública.
- Comité de Asuntos Judiciales y de Administración Penitenciaria.
Los miembros de cada comité serán designados de entre los miembros del Yuan de Control; cada miembro podrá integrarse en un máximo de tres comités y podrá asistir a las reuniones de otros comités. El número de miembros de cada comité no podrá exceder de 14 personas. Cada comité contará con un convocante, elegido por los miembros de dicho comité de entre ellos mismos, para gestionar los asuntos ordinarios del mismo. Las reuniones de cada comité serán convocadas por el convocante, quien actuará como presidente; no obstante, podrá convocarse a reunión extraordinaria a propuesta de al menos tres miembros. En casos que involucren a dos o más comités, podrá convocarse a una sesión conjunta con el consentimiento de los convocantes de los comités implicados.
Cada comité contará con un secretario jefe, un comisionado especializado, un especialista, uno o dos oficiales de sección y un administrativo.
El personal de los comités será asignado por el presidente según la complejidad de las tareas.
Asimismo, según lo dispuesto en el artículo 2, párrafo 3, de la Ley Orgánica de los Comités del Yuan de Control, se establecen los siguientes 4 comités especiales:
- Comité de Investigación de Leyes y Reglamentos
- Comité de Consultoría
- Comité de Disciplina de los Miembros del Yuan de Control
- Comité de Ética Pública
A excepción del Comité de Consultoría, el Comité de Investigación de Leyes y Reglamentos, el Comité de Disciplina de los Miembros del Yuan de Control y el Comité de Ética Pública estarán integrados por miembros del Yuan de Control. Sus funciones consisten, respectivamente, en el estudio de las normas de control, la deliberación y gestión de la disciplina de los miembros, y la gestión de asuntos relacionados con la declaración de bienes de funcionarios públicos, prevención de conflictos de intereses para funcionarios públicos, donaciones políticas y cabildeo.
Cada comité especial contará con un secretario ejecutivo, y el personal administrativo necesario será asignado de entre los funcionarios del Yuan de Control mediante el desempeño simultáneo de funciones.
Además, conforme al artículo 52, párrafo 1, de la Ley de Apelaciones Administrativas, el Yuan de Control cuenta con un Comité de Deliberación de Apelaciones Administrativas. Según el artículo 2 del reglamento orgánico de dicho comité, este se compone de entre 9 y 13 miembros. El vicepresidente es miembro ex officio y ejerce como presidente del comité. El resto de los integrantes son nombrados por el presidente del Yuan de Control de entre personas de reconocida integridad, académicos o expertos, quienes deben representar al menos la mitad del total; los demás miembros serán nombrados de entre aquellos miembros del Yuan de Control que no formen parte del Comité de Ética Pública. Este comité se encarga de resolver las apelaciones administrativas por disconformidad con las resoluciones del propio Yuan de Control o la Oficina de Auditoría Nacional. El comité contará con un secretario ejecutivo y el personal necesario será asignado por el presidente de entre los funcionarios del Yuan de Control.
Además de los comités permanentes y especiales, el Yuan de Control dispone de grupos de carácter operativo. Actualmente existen 3 grupos:
- El Grupo de Asuntos Internacionales, responsable de fortalecer el intercambio y la cooperación con instituciones de supervisión de otros países y organizaciones internacionales de supervisión.
- El Grupo de Igualdad de Género, responsable de promover y supervisar los asuntos internos de igualdad de género en la institución.
- El Grupo de Trabajo para la Protección de los Derechos Humanos, responsable de participar en la redacción y preparación de los informes nacionales exigidos por las autoridades competentes de los diversos convenios internacionales de derechos humanos.