El artículo 4 de la Ley de Control establece que el Yuan de Control y sus miembros podrán recibir quejas de los ciudadanos. De acuerdo con el Reglamento de Aplicación de la Ley de Control y las Normas para la Recepción y Tramitación de Quejas de los Ciudadanos del Yuan de Control (en adelante, las Normas de Tramitación), si un ciudadano detecta que un funcionario público ha incurrido en conductas ilegales o en el incumplimiento de sus deberes, deberá exponer detalladamente los hechos y enumerar las pruebas, dirigiendo la denuncia directamente al Yuan de Control o a sus miembros.
Para tramitar este tipo de escritos de queja, el Yuan de Control designa a un miembro de guardia; cada día, los miembros del Yuan de Control se turnarán para revisar y verificar los documentos. Según la naturaleza de los hechos denunciados, se decidirá si se asigna por turno a un miembro para realizar la investigación, si se delega la investigación en el organismo pertinente o si se procede con cualquier otro trámite adecuado. No obstante, si el asunto objeto de la queja no pertenece al ámbito de competencia del Yuan de Control, esta no será admitida.
Una vez tramitada la queja, se enviará una respuesta oficial al interesado, a excepción de aquellos asuntos que, de acuerdo con las leyes y reglamentos, no deban ser divulgados al exterior. Sin embargo, en caso de concurrir alguna de las circunstancias previstas en la cláusula de salvedad del artículo 13 de las Normas de Tramitación, no se procederá al envío de dicha respuesta.