行政院農業委員會輕忽怠慢高病原性禽流感防疫作為，貽誤防疫先機，明知為高病原性禽流感(HPAI)卻仍通報世界動物衛生組織(OIE)為低病原性，隱匿疫情且延宕後續防疫作為，監察院財政及經濟委員會101年9月5日通過並公布監察委員程仁宏、錢林慧君、楊美鈴提案，糾正行政院農委會、台南市政府。
糾正案文指出本案缺失包括：
一、 農委會漠視禽流感病原判定機關權責紊亂現象，聽任長期紛擾而不加統合，又罔顧92年公告「高病原性家禽流行性感冒檢驗方法」明文規定，採信防檢局偏執見解，引發無謂判定爭議，實有欠當。
二、 農委會輕忽怠慢高病原性禽流感防疫作為，決策猶豫延宕時效，貽誤防疫先機。
三、 防檢局HPAI通報OIE標準作業程序付之闕如，明知為高病原性禽流感，卻仍通報為低病原性，相關人員涉及通報不實及隱匿疫情，應予議處。
四、 防檢局處理99年2月彰化芳苑蛋雞場案，未簽報農委會，逕自以法無明文規定之「該場具有HPAI潛勢」為由，完成局部預防性撲殺補償，有重大違失。
五、 畜衛所及臺南防治所未依規定進行採樣，使臺南新市蛋雞場案是否曾發生HPAI之真相未能獲得釐清，也未就飼主拒絕採檢依法裁罰，形成國內HPAI疫情防治重大疏漏，實有違失。
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