據衛生福利部（下稱衛福部）疾病管制署（下稱疾管署）統計資料及學者研究指出，國內每年平均確診流感併發症病例達1千5百例以上，死亡人數達240人，所造成社會整體經濟力損失高達新臺幣(下同)3兆69億元，相當於耗損國家年度總預算約1兆9千9百億元之1.5倍餘，凸顯流感疫情對國家社會及民眾生命財產之負面影響衝擊至為嚴重。惟調查發現，疾管署流感防疫策略及宣導措施，未臻完備，包括:社區65歲以上長者，每年疫苗接種率不及4成5，僅為照護機構長者接種率之一半，以及流感疫苗整體施打量、銷毀量攸關國家預算之龐大支出及防疫成效，相關數據之正確性至為重要，疾管署卻怠未健全勾稽查核機制……等，監察院今(5)日通過監察委員張武修、王幼玲提案，促請行政院督同衛福部、教育部、疾管署及地方衛生局檢討改善。
監察委員調查發現，我國流感防疫預算自102年迄今逐年遞增，105年起尤倍增為14億元許，但102年至105年各年度流感併發症確定病例數分別為1,849、814、1,924及1,461例；併發症死亡病例數分別為183、140、408及233例；健保門診分別為25,360.09、22,982.86、26,078.14、24,141.78千人次；健保住院分別為228.82、229.43、260.68、243.13千人次，足見102年至104年之歷年流感併發症確定病例數、死亡病例數及醫療利用率等疫情嚴重程度評估指標，除未隨上述遞增之流感防疫預算而逐年顯著降低之外，甚至有不減反增之趨勢，未見因預算倍增而達實際效益，凸顯預算執行績效之評核作業未盡落實，行政院亟應督促所屬切實檢討，俾讓國家防疫預算之編列有憑有據，並促使其發揮最大效益，確保國人健康。
監察委員指出，衛福部既自認我國掌握「流感疫情之代表性及時效」勝於先進國家一籌，自應挾此優勢，率先提前因應早於去(106)年中即已察覺之國內流感疫情「流行態樣明顯與往年不同」、「罕見於夏初發生」及「疫苗株與流行病毒株不完全吻合」等警訊，詎該部卻未採取較以往更有效之相應防疫策略與教育宣導措施；且施打疫苗既為該部宣稱全球公認預防流感最有效之方法，相關文宣與教材內容自應提供具體量化數據，足讓各高風險族群與其照顧者深刻有感於疫苗之有效性及保護效果；該部及疾管署迄今所製作發布之相關流感宣導素材，不足以讓各高風險族群及其照顧者配合政府防疫之美意，不無審酌精進空間。
監察委員復表示，102年至106年65歲以上長者歷年疫苗接種率分別為42.2、41.4、40.8、49.2及48.8%，雖可見近2年該族群長者接種率，經實施上述倍增預算採購疫苗策略後，微幅提升；惟該接種率之提升，係居住於照護機構(含工作人員)及社區等長者接種率平均後之數值，其中照護機構長者之疫苗接種率歷年皆可達9成以上，反之，社區長者各年度接種率，卻均遠不及4成5，僅為照護機構長者接種率之一半；又關於入學前之幼童，近2年「3歲以上」之流感疫苗接種率約6成，明顯低於「3歲以下」(指6個月以上至3歲以下者)之接種率(8成)；經進一步分析發現，乃肇因於「3歲以下」幼兒必須接種其他常規疫苗，故一併施打流感疫苗之機率較高，而「3歲以上」幼童因欠缺此施打機會，致接種率較低，難以發揮保護效果。再者，校園往往容易發生群聚感染，自106年流感季(106年10月1日起至107年4月15日止)，群聚事件累計189件，其中校園群聚事件計125件，占率超過6成，但疾管署所採防疫措施皆僅為例行性之「公文提醒」，迄未因105年校園群聚感染案件驟增等情，偕同教育部、地方政府及相關目的事業主管機關切實檢討因應，據以採取相關防疫加強措施，猶任由各級學校、安親班等易生流感群聚場所自主管理，未見相關積極查處、獎懲及具體有效之儆示作為，肇致106年校園群聚感染事件仍居高不下。
調查報告再指出，流感疫苗施打量、銷毀量攸關國家預算之龐大支出及防疫成效，相關數據之正確性至為重要，疾管署卻怠未健全勾稽查核機制，僅以粗淺方式查核基層人員登載於流感疫苗資訊系統(Influenza Vaccine Information System，IVIS)數據，即率作為全國疫苗接種率之計算依據，致難以有效杜絕地方政府為爭取獎勵、衝高績效而虛報疫苗施打量，甚至違法銷毀情事；致我國逐年攀升之疫苗接種率尤不無令人質疑，行事敷衍草率。又，鑑於流感大流行時期恐無法及時取得疫苗之風險，衛福部縱已參採先進國家作法研議建立疫苗預購協議採購機制，卻分別囿於經費不足及缺乏廠商投標而暫緩辦理；惟防疫視同作戰，國人生命健康尤屬無價，任何理由恐皆不足以暫緩防疫整備措施之遂行，亟應料敵從寬，禦敵從嚴，儘早研謀對策妥善因應，以完備我國防疫戰備能量。
最後，監察委員特別強調，衛福部針對流感疫苗採購項目之相關決策，攸關民眾健康及疫苗相關事業權益甚鉅，自應具一致性及可預測性，但該部自102年迄107年間陸續召開、辦理之相關會議及委託研究案，早已認為導入「四價流感疫苗」為國際趨勢，「全面使用」尤具成本效益，該部更於本(107)年初即對外宣示國內將自同年10月開始全面施打，詎該政策宣示不及2個月，猶未見全球與國內疫情及環境顯著變異；該部竟於同年3月即推翻前揭宣示及相關會議決議事項而改採「三價流感疫苗」，不無招致政策草率反覆之訾議，顯難獲民眾正面觀感。