經濟部所屬智慧財產局低估「智慧財產權e網通計畫」複雜度，對評選得標的廠商也未能掌握缺乏專業能力，致開發進度嚴重落後，全案最後失敗收場，無法達成預期效益，監察院財政及經濟委員會100年6月21日通過監委黃武次提案，糾正經濟部。
糾正案文指出本案缺失如下：
一、 經濟部所屬智慧財產局未能汲取世界智慧財產權組織先進國之經驗，低估「智慧財產權e網通計畫」之複雜度及所需開發期程，評定遴選的開發建置案承商，對智慧財產業務不熟悉，致開發進度嚴重落後，僅完成少數應用系統，最後終止契約，無法達成原預期效益，確有違失。
二、 e網通計畫開發建置案公告預算金額達9.27億餘元，履約期間5年，其工作內容與「性質重複、提供勞力為主」之巨額勞務採購相異，惟智慧局未就其「特殊情形」請求工程會釋示，竟以第1年預算(5,300萬元)之五分之二訂定投標廠商資格，致所評選之最有利標得標廠商，對智慧財產權業務不熟悉，專業人力不足，全案以失敗收場。
三、 e網通計畫為大型智財統包計畫，年效益高達6.56億餘元，若如期完成，則開發建置案成本1年半即可回收，故規格標首重慎選優質廠商，價格尚在其次。智慧局卻將價格列為規格標評審項目(20%)，致取得優先議價權者因價格較低而勝出，其技術、功能、管理及品質則居其次，導致4年僅完成14個應用系統(原訂半年完成)，e網通計畫失敗。
四、 神通公司「對智慧財產業務不熟悉，專案管理能力不足」，為開發建置案失敗之重要原因，評定其取得優先議價權者，多數為智慧局內聘評選委員，而非外聘委員，智慧局評選不當，導致e網通計畫失敗。
五、 智慧局於第1階段小型線上申請(SSOL)應用系統開發進度嚴重落後之情況下，仍同意神通公司動支1.18億元代辦機房空間租賃、採購電腦軟硬體設備，致設備利用率不佳，實不妥適。
六、 依建議書徵求文件及契約規定，專案人力之變動，均須報請同意，智慧局卻同意神通以不具專利領域之人力，替代熟悉智慧財產權業務之分包商，致開發建置案進度嚴重遲延，也有疏失。