高雄縣政府災害應變中心忽視交通部中央氣象局發布的雨量警示，對於農委會水土保持局發布土石流警戒，也僅轉知，未積極指示並具體協助各鄉公所強制撤離災區民眾，導致重大災難，高雄縣甲仙、六龜、那瑪夏、桃源等鄉公所未落實土石流防災規劃及演練工作。而高雄縣甲仙鄉公所於莫拉克颱風八八水災期間，也未確實有效防救災，導致造成甲仙鄉災情嚴重，小林村近乎滅村與滅族，監察院內政及少數民族委員會依據監察法第24條，於本(98)年12月2日通過並公布監委趙昌平、黃煌雄所提糾正高雄縣政府、高雄縣甲仙、六龜、那瑪夏、桃源鄉公所案。
糾正案文指出，依據災害防救法，地方政府對災害地區居民負有疏散避難的責任，氣象局在此次風災已依颱風路徑的改變適時修正風雨預報，尤其上修雨量時的實際雨量觀測值遠小於預測值，應可發揮預警功能。且農委會水土保持局發布土石流警戒的時間，均早於災害發生前2-4小時以上，應可使各地應變中心有足夠應變時間，針對土石流警戒區內進行民眾疏散避難。高雄縣政府災害應變中心忽視氣象局發布的雨量警示，對農委會水土保持局發布的土石流警戒，也僅轉知，未積極指示並具體協助各鄉公所強制撤離災區民眾，導致重大災難，有嚴重違失。
糾正案文表示，根據農委會98年3月18日統計資料，高雄縣98年土石流疏散避難計畫尚未完成校正更新的村里包括甲仙鄉小林村、那瑪夏鄉卡奴瓦村、那瑪夏鄉瑪雅村、那瑪夏鄉南沙魯村等12個村里。另高雄縣經水保局校核部分保全對象地址資料與保全戶數不符者，包括六龜鄉中興村、甲仙鄉小林村、桃源鄉勤和村等8個村里。行政院災害防救委員會於98年9月21日召開莫拉克颱風防救災應變檢討改進會議，決議之ㄧ為「加強災區土石流及水災避難疏散教育講習及演練」，本次災情嚴重，顯示高雄縣甲仙、六龜、那瑪夏、桃源鄉等鄉對土石流防災規劃及演練工作未落實，核有違失，高雄縣政府未善盡督導之責，亦有違失。