台南縣政府於「將軍漁港觀光漁市漁貨直銷中心」興建計畫辦理過程，未恪遵預算法規定切實辦理成本效益分析，行政院農業委員會漁業署於興建計畫審核過程，也未適時指正缺失並要求切實改善。監察院內政及少數民族、財政及經濟委員會依據監察法第24條，於本(98)年7月22日通過並公布監委葉耀鵬所提糾正漁業署及台南縣政府案。
台南縣政府為活化將軍漁港、振興漁業發展並帶動地方繁榮，辦理「將軍漁港觀光漁市漁貨直銷中心」，於92年獲漁業署核定補助新台幣6,000萬元，縣府配合款2,648萬元，辦理招標後於94年完成驗收，結算金額8,180萬4千元。之後將該漁貨直銷中心委託民間機構營運，履約期限94年12月29日至104年12月29日計10年。
糾正案文指出，漁貨直銷中心興建計畫擬定過程，應依預算法第34條規定：「重要公共工程建設及重大施政計畫，應先行製作選擇方案及替代方案之成本效益分析報告…」，台南縣政府對本直銷中心興建完成後能否爭取足夠客源，能否取代鄰近的「將軍漁港漁貨拍賣市場」之漁貨直銷零售功能，有無其他風險替代方案，以「為推動漁港轉型朝多功能休閒漁港發展，及漁業署於核定補助時並未要求應先辦理績效評估」為由，缺乏成本效益分析及經營績效評估，貿然興建後，導致經營成效不彰，鉅額投資未發揮應有效益。
糾正案文表示，漁業署對興建計畫審核過程，也未適時指正台南縣政府的缺失並要求切實改善，核有疏失。