監察院依憲法第104條規定設審計長，由總統提名，經立法院同意任命之。依監察院組織法第5條及審計部組織法第4條之規定，審計長秉承監察院院長，綜理審計部全部事務，並監督所屬職員及機關。審計部設第一廳掌理普通公務審計、第二廳掌理國防公務審計、第三廳掌理特種公務審計、第四廳掌理公有營業及公有事業審計、第五廳掌理財物審計、覆審室掌理覆核審計及承辦地方審計處室審計業務之督導；設秘書室、總務處、會計室、統計室、人事室及政風室等單位，另以任務編組設參事辦公室，分掌各有關事務。審計部置審計官（含兼廳長、主任）、審計、稽察（含兼副廳長、科長）、審計員、稽察員；置主任秘書、參事、處長、副處長、主任、秘書、專門委員、科長、專員、科員、辦事員，分別承辦規定事務。審計部處理重要審計案件，以審計會議之決議行之。審計會議，以審計長、副審計長及審計官組織之。
依審計部組織法第14條第1項、第2項規定，審計部於各省（市）設審計處，於各縣（市）酌設審計室，掌理各該地方政府及其所屬機關財務之審計事項，並得由審計部指定兼辦就近之中央或地方機關審計事項。中央及地方各特種公務機關、公有營業機關、公有事業機關，得設審計處（室），掌理各該組織範圍內之審計事項。
目前審計機關辦理中央政府各機關財務之審計者，有審計部及所屬教育農林、交通建設2個審計處；辦理地方政府各機關財務之審計者，有審計部所屬臺北市、新北市、桃園市、臺中市、臺南市及高雄市等6個審計處，以及臺灣省基隆市、宜蘭縣、新竹縣、新竹市、苗栗縣、彰化縣、南投縣、雲林縣、嘉義縣、嘉義市、屏東縣、花蓮縣、臺東縣、澎湖縣及福建省金門縣等15個縣市審計室。