監察委員：田秋堇、蔡崇義
電子發票能有效追蹤食品流向，且發票資料可保存於財政部電子發票整合服務平台8年，一旦發生食安事件，除了有助於檢調追查，電子發票亦可協助買到黑心食品的消費者向業者求償，因此「食品安全衛生管理法」第9條第2項及第3項規定，經公告類別與規模之食品業者，應依其產業模式，建立追溯或追蹤系統，並依溯源之必要性，分階段使用電子發票，以確保食品追溯或追蹤系統資料之正確性。
監委田秋堇、蔡崇義於109年完成「食品雲」調查報告發現，衛生福利部（下稱衛福部）自103年起分階段公告「應建立食品追溯追蹤系統之食品業者」，迄109年1月1日止，累計已納入22類食品業者強制實施食品追溯追蹤管理制度、上傳非追不可及使用電子發票。然而，截至109年5月底，衛福部公告指定上開22類、應使用電子發票之食品業者共4,838家，實際導入電子發票之食品業者只3,649家（導入比率僅75.42%）。
案經調查後，於長達四年半之續追期間，衛福部針對產量大、市占率較高之食品業者，已陸續公告26類食品業者，分階段使用電子發票，包括：
1、自110年1月1日起，辦有商業登記、公司登記或工廠登記者之「農產植物製品、菇（蕈）類及藻類之冷凍、冷藏、脫水、醃漬、凝膠及餡料製品、植物蛋白及其製品之輸入業者」；達3家以上非百貨公司之綜合商品零售業獨立門市之連鎖品牌，且資本額3,000萬元以上者之「餐盒食品之販售業者」，屬「加值型及非加值型營業稅法」規定應使用統一發票者，均應使用電子發票。
2、自112年1月1日起，對於辦有工廠登記且資本額3,000萬元以上之「其他食品業別」之製造、加工、調配業者，屬「加值型及非加值型營業稅法」規定應使用統一發票者，應使用電子發票。
3、自114年1月1日起，具有商業登記、公司登記、工廠登記或稅籍登記者之「殼蛋之輸入業者」且屬「加值型及非加值型營業稅法」規定應使用統一發票者，應使用電子發票。
財政部與衛福部為輔導食品業者依法落實開立電子發票，財政部針對衛福部公告應使用電子發票之食品業者均列為優先輔導對象，並訂定財政部所屬各地區國稅局責任目標，衛福部亦督導各地方政府衛生局輔導公告指定食品業者導入電子發票。此外，衛福部與財政部亦共同訂定輔導食品業者導入電子發票一致性原則、建立跨部會單一聯繫窗口，負責協助排解各地方政府衛生局、各地區國稅局，於輔導食品業者所遇非其業務範疇之反映事項…等多項精進措施。
透過前述精進措施，截至113年11月底，食品業者導入電子發票計有9,220家次（導入比率為98.3%），其中，輸入業者開立電子發票計有6,389家次，開立比率為91.8%。(註：食品業者清單家數會因前一年度業者實際輸入、製造及販售等情形變動。)
此外，「飼料管理法」第8條之1有關農業部應就飼料製造業者或販賣業者公告限期分階段使用電子發票之規定，農業部預計於114年上半年完成相關子法之法制作業公告程序。
有關「食品雲」之建置與應用，相關單位已持續改善，然考量衛福部尚未將部分食品業者納入食品追溯追蹤管理制度、上傳非追不可及使用電子發票之實施對象，監察院仍會持續監督有關機關儘速檢討改善。