監察院財政及經濟委員會、內政及少數民族委員會聯席會議業於98年1月7日通過監察委員林鉅鋃調查對農委會、環保署、衛生署、雲林縣、屏東縣政府對於防範斃死豬非法流供食用管理措施之執行未能落實乙案，上開5機關均有所違失之糾正案。
按斃死豬非法流用之犯罪事件頻頻發生，屢為各界所抨擊詬病，迭經本院民國84年、89年、90年三次糾正在案，惟多年來並未有效查緝掌控，迄未發揮積極之遏阻作用，聽任類似事件一再重演。復以國內邇來爆發多起大量斃死豬肉長期流入市場之事件，影響消費者食肉衛生安全至鉅。監察委員經調卷、約詢、實地履勘養豬場及化製場、諮詢專家學者後，發現計有下述八大違失：
一、農委會之源頭管控機制形同虛設，96年竟有三分之二斃死豬未送交化製場妥為化製，其中更有高達10萬頭易遭非法流用斃死豬之流向不明，且焚化、掩埋數量之統計闕如，難以核算勾稽，顯有疏失。
(一) 依據農業統計年報估算，96年斃死豬約246萬頭，然而防檢局彙計送化製場化製豬隻頭數卻僅約82萬頭，亦即有高達164萬頭（占總數三分之二）斃死豬未送交化製場妥善處理。若以96年度易遭非法流用豬隻之大豬及中豬死亡頭數共約37萬頭，扣除已送化製場化製豬隻27萬頭，仍有高達10萬頭《亦即274頭/天》易遭非法流用斃死豬之流向不明。
(二) 農委會僅要求養豬戶自行登載於「斃死豬數量及處理情形紀錄手冊」，而且農政單位並未定期派員查核其是否據實填報，故每家畜牧場斃死豬隻焚化或掩埋處理的數量統計亦付之闕如，難以核算勾稽未送進化製場化製豬隻之頭數與掌握其確切流向。
二、農委會未能配合檢警調機關已全面投入查緝偵辦行列、引進環保GPS管控科技及成豬死亡保險計畫之陸續推展，適時修正行政院核定之「斃死豬非法流用供食用之具體防範措施」俾利憑辦，核有怠失。
三、農委會囿於本位，未開放使用畜牧場與化製場資訊查詢系統，造成管制對象不明確，數據有所落差；又未充分發揮機關間縱向與橫向之協調會議機制，無法落實溝通與管考成效，確有不當。
四、農委會對於化製三聯單之設計失當，填報時計頭數，進場時實務改秤重量，兩者無從核對，迭經反應迄未改善；而化製場之查核人員又未全程逐一清點進場頭數，裝設之監視系統亦未發揮功效，均有未當。
五、農委會針對本院先前糾正之事項，因循苟且、輕忽怠慢，迄未作適當之改善與處置，陳疴依舊；又以查緝違法屠宰充作查緝斃死豬之成果，誇大執行績效，均有違失。
六、環保署未遵照行政院指示下修養豬場網路申報門檻，延宕逾22個月，迄今仍未公告，又未督導相關環保團隊主動查察非法集運車輛，並切實配合查察GPS集運車輛疑似異常案件，行事顯欠積極，殊有可議。
七、衛生署漠視稽查上游「私設冷凍庫」重要供貨源頭，任令地方衛生局稽查中下游之禽畜肉成品，難以區辨斃死豬肉，捨本逐末，事倍功半，徒勞無功，實有欠當。
八、屏東縣、雲林縣政府執行查緝違法屠宰工作不力，聯合稽查斃死豬行事消極被動，各相關單位業務橫向連繫不足，且未落實輔導與取締工作，無以遏止私宰及斃死豬非法流用，顯有疏失。