食品雲103年成立至今，據審計部106年度中央政府總決算審核報告指出：食品雲系統，資料後續勾稽運用，仍有未盡周妥情事等。監察院內政及族群委員會推派田秋堇、蔡培村、楊美鈴、蔡崇義委員調查，經一年多調查發現「食品雲」欠缺絕大多數食品業者資訊，且該系統無法發揮預警效能…等諸多缺失。7月21日監察院內政及族群委員會相關聯席會議審議，通過4位委員所提調查報告，並函請衛福部、環保署、經濟部及教育部…等檢討改善。
監委表示，99年11月行政院食品安全會報決議，整合衛福部、經濟部及農委會所建置之食品履歷追溯相關資訊系統，後續推動產品追溯法規化等作業，加以食藥署「核心食品雲」系統開始結合環保署、農委會、經濟部、財政部…等機關資訊系統，形成所謂泛食品雲系統。截至108年底止，「食品雲」系統共彙整6個部會(環保署、農委會、經濟部、財政部、教育部、健保署)、介接18項食安相關資訊系統，以求有效掌握業者及產品資訊與動向。
惟經過深入調查後，4位監委發現目前食品雲系統存有多項缺失如下：
一、 食品雲建置之主要目標，除食安事件發生時，迅速掌握問題產品上下游流向、提升追查效能外，亦應包括平日對食品危害風險之預測及預警作業。
調查發現，食藥署藉由不同部會巨量資料之介接，雖已建置「食品雲-油品追溯追蹤」、「化學雲-選定化學物質流向」、「化學雲-毒性化學物質流向」等3項監測模組，卻仍未完成有效之食安風險預測路徑模型，以致無法發揮勾稽預警效能，而食藥署相關檢討仍只偏重問題產品追查功能的改進，並未檢討食品雲風險預測、預警功能，核有欠妥。
二、 截至108年底止，食藥署統計按食品安全衛生管理法規定申請登錄之食品業者計47萬5,763家次，然其中應建立食品追溯追蹤系統(即所謂「非追不可」)之業者僅有10,099家次，亦即約僅2%食品業者須建立追溯追蹤系統；而此2%業者中，截至108年底止，仍有近400家未依法建立食品追溯追蹤系統。此均肇使食品雲系統欠缺絕大數食品業者資料，有礙食品雲風險預測效能。
三、 毒性及關注化學物質管理法已於108年1月16日修正公布迄今，環保署卻仍未依法公告關注化學物質資訊，致甲醇等26種具食安風險化學物質之販賣、使用及貯存等運行作為無法納管，僅能以「輔導」方式督促業者自我管理，流向難以確實掌握，易形成食安風險漏洞。
四、 國內部分學校興起自動販賣機販售食品風氣，惟教育部尚未能瞭解及掌握設置情形及數量；且該部雖訂定有「學校餐廳廚房員生消費合作社衛生管理辦法」及「校園飲品及點心販售範圍」等規定，使營養午餐業者將食材原料、品名等資訊登在於「校園食品登錄平台」，惟校方仍欠缺食藥署食品雲相關資料回饋(尤其該署對於該等業者及產品之稽查結果等「非驗不可」系統資訊)，有礙校方同步勾稽及把關，亟待教育部及食藥署檢討改善。
五、 經濟部建置食品雲HUB平臺之目的係為有效補強弱鏈之食品安全防線，輔導經衛福部公告指定特定類別或一定規模之食品業者應依照「食品安全衛生管理法」第9條第2項、第4項規定建立追溯或追蹤系統及電子化上傳非追不可系統，惟該平臺使用效益不彰，以致108年度食品業者連續使用該平臺3個月以上僅65家；且，截至109年1月1日止，尚未依上開規定完成建立者計399家次，經濟部尤應優先輔導、協助業者善用該平臺功能，正確建立食品追溯追蹤系統，並快速完成電子申報作業；另，經濟部應推廣、輔導新增納管食品業者善用該平臺解決繁複及龐大之申報資料問題，降低業者適法成本，擴散食品雲HUB平臺之服務能量。
監委也指出，食品雲系統彙整了6個部會的食品相關資料，在介接上難免遇各種技術問題，需要衛福部食藥署與環保署…等持續積極協議解決，以精進系統的勾稽比對功能。此外，監委表示，關於食品業者使用電子發票事宜，尚需多部會共同檢討改善，以完善食品雲系統資料，說明如下：
一、 截至109年5月底，屬衛福部公告指定應遵照食安法第9條第3項規定強制使用電子發票之食品業者共22個類別，惟衛福部與財政部輔導、推廣不力，肇使仍有1,189家食品業者尚未落實開立電子發票，並囿於使用電子發票業者近一個月內財稅資料無法即時查調，在在形成食品安全資訊化管理之破口。另，衛福部允應加速推動其他類別之食品業者使用電子發票之期程，避免黑心食品事件發生時，需要動用龐大人力與耗費大量時間追查，或真實交易難以舉證而影響法律之訴追。
二、 食品業者開立電子發票之相關欄位填寫規則並未統一，尤其衛福部與財政部尚需費時討論解決整合兩系統資料之傳輸、欄位、列載、勾稽等差異及其他技術性困難問題，影響食品雲與電子發票系統介接資料品質。
三、 另，食品安全之危機與防範並不僅限於食品業別，然農委會迄未確實依照飼料管理法第8條之1第1項規定公告飼料業者分階段使用電子發票之實施日期，使上開規定形同具文；而環保署修法強制規範化學相關業者開立電子發票之作業亦顯遲緩，胥賴衛福部根據食品安全衛生管理法要求食品業者開立電子發票，危害食品溯源追蹤網絡之構築，影響消費者食的安全、食的安心之權益。
監委表示，大數據時代來臨，政府部門之間介接相關數據建立「食品雲」系統，有助於食品安全管理科學化，甚至可預期及掌握高違規風險業者，惟該系統目前尚有部分缺失，期待衛福部食藥署、環保署…等部會共同改善，以完善食品安全管理系統，增進民眾飲食安全。