頭前溪水系自來水水質水量保護區於72年5月3日劃設，其面積達552.7平方公里，且於頭前溪下游設有隆恩堰及湳雅取水口，每日取水共19萬噸，提供新竹縣市超過75萬人飲用，然中央及地方政府是否有依《自來水法》、《飲用水管理條例》及相關規定辦理，以提昇公眾飲用水品質及維護國民健康。經監察委員田秋堇調查發現，新竹縣政府就轄內頭前溪水系自來水水質水量保護區內之污染性工廠怠於清查及管理，且於已封閉之竹東鎮衛生掩埋場進行暫置垃圾，規避自來水法第11條之禁止行為，均有怠失，監察院財政及經濟、內政及少數民族委員會聯席會議於8月7日通過調查報告並糾正新竹縣政府，糾正內容如下：
一、新竹縣政府自經濟部於94年2月25日發布「自來水法第11條自來水水質水量保護區禁止或限制事項補充規定」，對於轄內頭前溪水系自來水水質水量保護區內之原有污染性工廠，多年來未隨法令更迭進行清查，遲至107年監察院調查，縣府方確知該保護區內有污染性工廠存在，清查後確認5家污染性工廠皆為法規頒布前所設立，，然該府對污染性工廠存在多年竟毫無所悉，且未確實就各該工廠申設時之法令規範進行清查，更未依《自來水法》第12條規定「…水質水量保護區域內，原有建築物及土地使用，經主管機關會商有關機關認為有貽害水質水量者，得通知所有權人或使用人於一定期間內拆除、改善或改變使用。其所受之損失，由自來水事業補償之…」釐清污染性工廠對水質水量之影響，確有怠失。
二、新竹縣政府因轄內垃圾處理困境，而將竹東鎮等鄉鎮所產生之生活垃圾暫置於竹東鎮衛生掩埋場，然而該掩埋場自72年間早已劃入頭前溪水系自來水水質水量保護區內，且早於95年7月已停用封閉，該府卻藉不實之「轉運」或《廢棄物清理法》所無之「暫置」，規避自來水法第11條之禁止行為，肇生水源污染之風險存在，確有違失。又新竹縣政府雖已啟用移除計畫，然垃圾暫置量不減反增，其處理作為緩慢消極，亦有怠失，均應予糾正。
監察委員田秋堇強調，除上開糾正事項外，並查明台水公司「前瞻基礎建設計畫-桃園~新竹備援管線工程」於今年6月4日開工、預計明年底完工通水，在水源充足情況下，屆時可自石門水庫專管送水每日20萬噸，新竹地區將可完全飲用水庫水。本案調查報告另指出下列缺失，分別請經濟部督促水利署及台水公司、新竹縣府、新竹市政府、行政院環境保護署分別檢討改善與妥處：
一、經濟部水利署於歷來修正「自來水法第11條自來水水質水量保護區禁止或限制事項補充規定」後，未能積極督促地方主管機關進行查處，肇致頭前溪水系自來水水質水量保護區內之污染性工廠存在多年，甚且任由新竹縣政府將已封閉之竹東鎮衛生掩埋場進行垃圾暫置之違法行為，該部水利署事前既未管理妥當，事後又無法監督改善，應檢討改進。
二、新竹縣政府及新竹市政府未依「水質水量保護區管制事項協調會報設置及作業要點」第3點規定，訂定頭前溪水系自來水水質水量保護區之巡查計畫，水利署亦未督促各地方政府落實作業要點之規定，有欠積極；中央、地方各主管機關及台水公司應落實巡查作業，然因頭前溪水系自來水水質水量保護區範圍廣大及土地利用型態複雜，除有賴各權責機關合作外，其巡查範圍仍有其侷限性，允宜考量公私部門協力及資訊公開，以及時追查違法行為，確保水源水質安全。
三、目前頭前溪每日仍持續供水，即使明年底支援新竹20萬噸送水專管完成，石門水庫亦須考慮氣候異常、水源短缺，頭前溪仍需作為新竹地區飲用水水源。因此，新竹縣、市政府及台水公司對於頭前溪流域水體水質、飲用水水源及飲用水水質仍應持續維護監測，並應考量該取水口位處流域下游，其水質易受上游污染來源影響，尤以豐枯水期因河川流量差異可達27倍，頭前溪水質更易隨廢污水放流而影響，故對於上游污染來源應即時檢視其變動情形，藉以調整水質監測項目，以確保水質狀況無虞，並同時積極推動相關因應策略，提升取水口上游各項廢水處理設施等級，以符合飲用水管理條例所揭示之提昇公眾飲用水品質及維護國民健康之目的。
四、《自來水法》及《飲用水管理條例》均訂定不得於各該保護區及飲用水取水口一定距離之地區內設置污染性工廠，二法所定義之「污染性工廠」業別主要依「開發行為應實施環境影響評估細目及範圍認定標準」，但卻有所差異，更與《水污染防治法》事業分類及定義之規範有異，規範內容寬鬆不一。
考量科技產業進展日新月異、製程及其使用化學物質複雜，水利署及環保署應重新審視各法令規範目的並檢討其事業類別，俾免管理制度有所疏漏。