監察院內政及少數民族委員會召集人陳健民委員等7名委員，在行政院海岸巡防署等相關主管陪同下，於99年6月24日至該署巡察並聽取業務簡報。陳健民委員指出，行政院組織法已修正通過，行政院海岸巡防署將併入行政院海洋委員會，他勉勵該署併入海洋委員會後能更成長茁壯。與會委員並就海上旅舘及漁工上岸後之管理、相關人員之紀律問題、人員培訓、大陸農產品等走私進口之查緝、漁業資源之維護、因應兩岸海運直航相關人員設備之充實、與相關單位間之協調溝通等提出建議。