99年3月4日上午高雄甲仙鄉發生6.4級地震，導致高鐵列車於行進中出軌，2千餘名旅客受困高鐵列車車廂，台灣高速鐵路股份有限公司對地震應變及旅客疏散作業過於冗長，監察院交通及採購委員會99年6月9日通過監委趙榮耀、陳永祥提出調查報告，要求交通部高速鐵路工程局督促台灣高鐵公司確實檢討改進。
調查報告指出本案缺失如下：
一、 台灣高速鐵路股份有限公司辦理有關地震應變及旅客疏散作業時間過於冗長，交通部高速鐵路工程局應嚴予要求該公司確實檢討改進。
二、 高鐵局應再針對列車空調系統故障之標準作業程序，督促該公司針對不同情境、不同天候狀況，檢討開啟車門時機，以保持車內空氣流通，避免旅客身體不適發生意外。
三、 台灣高鐵公司雖與沿線客運租賃業者訂有「緊急接駁支援協定」，惟業者均不知高鐵緊急出口的確切位置，高鐵局應責無旁貸，要求高鐵加強動員演練。
四、 高鐵局應要求台灣高鐵公司就地震致災期間之運轉調度、旅客購票及劃位等實務作業，檢討改進，以降低對旅客之不便。
五、 高鐵局似可針對P波傳遞速度較快之原理，要求台灣高鐵公司研究採取多階段減速方式因應之可行性。