監察院院會99年6月8日通過監委李復甸、錢林慧君聲請司法院大法官會議解釋案，針對現行法院組織法第六十六條第七項提名檢察總長程序，是否牴觸憲法第五十三條暨增修條文第三條第二項疑義，另外對法院組織法第六十三條之一第一項與刑事訴訟法之再議制度，恐有侵害人民訴訟權之虞，因此聲請大法官解釋。
本院前就調查檢察總長陳聰明相關違失情節乙案，對檢察總長提出彈劾送請公務員懲戒委員會議處，並附帶向其上級主管長官為急速救濟處理之決議，該案涉及法院組織法第六十六條第七項之檢察總長任命程序，有牴觸憲法及不符釋字第六一三號、六四五號解釋意旨之虞；另對法院組織法第六十三條之一第一項規定，特偵組設於最高檢，就該組檢察官所為不起訴或緩起訴處分，如何向檢察總長聲請再議亦有疑義，均有請求闡明之必要，特依司法院大法官審理案件法第五條第一項第一款，聲請司法院大法官解釋。
法院組織法第六十六條第七項規定「最高法院檢察署檢察總長由總統提名，經立法院同意任命之，任期四年，不得連任。」最高法院檢察署為法務部之下屬機關，法務部部長依法院組織法第一百十一條、第一百十二條對之本有行政監督權，檢察總長卻由總統跨越行政院長及法務部長二級直接提名並經立法院同意而任命，造成行政院基於憲法第五十三條與其揭櫫之行政一體原則下所應享有之檢察總長人事任命權完全被剝奪而無從置喙，使民主政治與責任政治原則無從落實，並引致國家機關權力失衡，嚴重破壞權力分立原則。
又法院組織法第六十三條之一第一項將特別偵查組置於最高法院檢察署下，未考量與刑事訴訟法規定之再議制度配合，致該組檢察官所為不起訴應向何機關提起再議之規定付之闕如，並致民眾憲法上應有之訴訟權受到減損。就告訴人而言，因交付審判採再議前置原則，未經再議之不起訴案件無法進而交付法院審判，惟該再議因制度設計徒具形式，實質上增加人民請求法院審判權利之限制；另因特偵組檢察官所為不起訴處分案件若需職權再議，該不起訴處分因再議效力不確定無從取得實質確定力，致被告有再受他檢察機關起訴之雙重危險，均有違反憲法第十六條保障人民訴訟權規定之嫌。
綜上，本院以法院組織法第六十六條第七項及第六十三條之一第一項有牴觸憲法之理由如上所述，本於行使憲法上賦予本院之職權，基於維護國家政府體制與憲政主義之精神及保障人權之原則，避免上開條文將來可能引致機關間衝突之憲政危機，或造成人民與重大公共利益受有損害之虞，爰依據司法院大法官審理案件法第五條第一項第一款聲請司法院大法官解釋。