行政院國家科學委員會自87年起推動7項國家型科技計畫，投入總經費841.46億餘元，但專利申請數及移轉產業的件數偏低，效能不彰，監察院教育及文化委員會於99年5月13日通過監委黃煌雄提案，糾正國科會。
糾正案文指出，國科會推動7項國家型科技計畫，主要缺失有：
一、未將海洋策略性產業領域納入，顯有遺珠之憾。
二、基因體醫學國家型科技計畫未有連續性，致實質之研發產出未有明顯增加。
三、農業與奈米國家型科技計畫經費配置及運用確有失當。
除此之外，其他違失還包括，未落實計畫執行成果之追蹤管考，錯失申請專利及技術移轉之契機；國家科技型計畫產出效能過低。
糾正案文指出，綜觀各計畫研究成果，總計產出學術或會議論文31,440篇，申請專利2,714項，專利申請件數占論文總件數比率8.63%，顯見鉅額研發資源未有效開發、擴散及應用； 2,714項專利中，以技術移轉者1,504項，取得權利金21.76億餘元，但審計部發現尚未移轉的專利有7,095項，技術移轉獲取的權利金收入與投資金額比率只達4.03%，不成比例。