臺北捷運文湖線發包策略不當，機電系統分包商基本資格訂定缺乏依據，且未審慎辦理規劃、履約及測試時間不足等，造成通車營運後事故頻繁。監察院交通及採購、內政及少數民族委員會聯席會99年5月12日通過監委葛永光、趙榮耀、陳永祥、洪昭男所提糾正台北市政府案，並要求市府確實檢討議處相關失職人員。。
糾正案文提出文湖線十二項重大缺失：
一、捷運內湖線之規劃係「系統相容、一車到底」，機電系統居於關鍵地位，有能力且有意參與之機電系統廠商家數有限(2家)，然捷運局卻擬訂「以高架土建為招標簽約對象，機電系統為其專業分包商」之發包策略，致決標前不但不知機電廠商，且完全無法審查機電系統廠商之資格及服務建議書，確屬可議。
二、依臺北市政府採購專家之意見，土建併機電縱有降低成本之好處，業主無法獲得；捷運局稱以土建廠商為招標簽約對象得降低成本，增加競標力，洵非有據。
三、臺北捷運文湖線合約規定運量需求為尖峰小時單向每小時28,400人(pphpd)，而捷運局未審酌機電系統廠商之技術能力，卻參考巨額採購預算金額或數量五分之二(實際為二分之一並取整數)訂定機電系統分包商尖峰運量之「基本資格」為15,000(pphpd)，不合邏輯，顯非有據。
四、機電系統專業分包商資格門檻之訂定，攸關廠商之承作能力，與廠商前5年內單次或累計承作契約金額或數量是否達到招標標的一定比例之預算金額或數量無直接關聯，而捷運局卻逕以分包(CB370)「工程總價」、「內湖線」車站安裝測試數或電聯車車廂採購數之五分之二，訂定廠商單一或累計契約實績門檻，據以規定單一契約承作過5個車站安裝測試者皆得承作文湖線24個車站之安裝測試，亦不合邏輯，顯無理由。
五、機電系統分包商單次契約金額及電聯車採購實績均不符合約規定，捷運局形式審查後卻同意核定廠商所提送之分包廠商資格文件，實有未洽。
六、內湖線新購車廂座位數少、站位密度高、內部寬度較木柵線窄25.8公分，服務品質顯已下降，且特別技術規範律定之最高載客容量僅24,400人次/小時，較尖峰運量需求(26,100人次/小時)短少1,700人次/小時(6.5%)，實有未當。
七、捷運文湖線自規劃迄完工歷時20餘年，78年原核定採高架設計，每公里造價27.22億元，嗣因中高運量爭議、路線變更、增設松山機場站及物價調整等，98年通車營運核算每公里造價增為43.05億元，增幅達58.18%，顯見捷運局辦理內湖線規劃設計、施工及履約管理過程，實非週延。
八、文湖線營運測試時間不足，通車前亦僅開放內湖線之10站試乘18小時，未能發現承商設備及系統之有關缺失，即通車營運，導致事件頻仍，影響旅客權益及安全甚鉅，顯有疏失。
九、臺北捷運文湖線非同步傳輸模式(ATM)傳輸網路之相關設計及不斷電系統等設備品質顯有瑕疵，致生多次停駛事故，而被迫重新改變網路架構及增設另套不斷電系統，其後更改為超高速乙太網路(GE)系統，臺北市政府捷運工程局對傳輸網路及相關設備之審查顯有疏失。
十、臺北市政府辦理文湖線之初勘作業，未能發現系統確切問題，且相關勘查作業時間不足，欠缺嚴謹，顯有可議，應予檢討改進。
十一、臺北捷運文湖線行控中心每日接獲之事件訊息高達數萬筆，徒增判別及處置程序，且易錯失處理重要故障警訊之時效，捷運局於通車營運迄今，仍未有效抑阻，顯有未當。
十二、文湖線機電系統工程之契約已規定契約金額將不因物價指數變動而調整，然工程會卻函稱：「縱契約已敘明『排除適用因物價指數調整變動而調整契約價金』，仍得準用該處理原則，惟應先辦理契約變更」，對於其他參與投標廠商，有違公平原則，允宜檢討。