農曆年前由媒體披露，浮動油價機制內所計收之空污費、石油基金及土污費疑點後，監察院前往中油公司調閱卷證及帳冊資料，並於農曆年後約詢經濟部、環保署及中油公司主管人員後，經綜合分析、核對經濟部、環保署及中油公司相關資料後，監察院財政及經濟委員會於七日通過監察委員程仁宏、洪昭男及李炳南提出「經濟部對空汙費、石油基金之缺失案」調查報告及糾正案，發現其涉有兩項缺失：
一、88年空氣污染防制法修正後之移動污染源空污費，繳費義務人已由消費者改為油燃料銷售者或進口者，容非屬「代收代付」性質，惟浮動油價公式中逕以較高費率計列空污費用，核與立法意旨未盡相符，益徵浮動油價機制未盡周妥，均應再確實檢討。
環保署於84年7月1日正式開徵空汙費，88年4月1日空氣污染防制法修正後之移動污染源空污費，繳費義務人已由消費者改為油燃料銷售者或進口者，雖已不屬「代收代付」性質。但經查發現，浮動油價機制（95年9月26日）實施後，中油公司先將相關稅費從零售價扣除，以求得稅前批售價隨國際油價浮動。在計算92無鉛汽油之稅前批售價時，該公司於該機制內計列之空污費率是第3級之0.30元/公升(95年)或0.19元/公升(96~98年)且沿用至99年2月初。但是同期間空污費已依油品含硫量多寡分成3級收費。
經查中油公司95~98年各年度煉製銷售之產品並非全屬第3級油品，每年各級比率均有不同，經過試算中油公司之實繳費率分別為0.1463及0.0923元/公升，並不是前面的0.30元/公升(95年)或0.19元/公升。柴油部分，95~98年度依此方式計算之實繳費率分別為0.1000、0.1485、0.1244及0.1291元/公升，也與浮動油價機制內計列之空污費不同。
經過監委核算自95年10月迄98年12月止，汽、柴油實際繳交金額與依第3級(96.1.1以前柴油空污費率僅分為2級)較高費率計算繳交金額差異數約達24.92億元。此一差額，中油公司認係生產者製程改善成果，應歸其所有，但是中油公司88年3月19日(88)油業88020628號函台灣營業總處表示「空污費將由本公司自行吸收，即調降高汽、高柴油品售價」，但浮動油價機制實施後，又將空污費納為浮動油價公式之稅費，當作售價之一部分，除與88年空氣污染防制法修正之立法意旨不符外，也違背該機制原擬將稅費剔除後，求得亞鄰最低價的精神。另外調查委員也發現，在浮動油價機制訂定過程中，空污費之應計列費率並未邀請環保署諮商，中油即以較高費率納入公式中，更加證明該機制設計過程未盡周延。
中油公司認為實繳費率與名目費率差額屬該公司製程改善成果，容有可議，又有關浮動油價機制之訂定欠周延，均應再加檢討。
二、中油公司繳交之石油基金，按輸入石油製品標準向汽、柴消費者收取，既未反映原油與成品油之差價，亦未反映相關退費項目金額，顯有疏失。
石油管理法第34條規定中央主管機關得就探採或輸入石油收取一定比率之金額，成立石油基金。惟查中油公司進口原油煉製成汽、柴油等石油製品，各製品銷售時應分擔之石油基金，應按輸入原油煉製後各石油製品比例分擔之。
但是中油公司在自95年9月26日起試辦浮動油價機制中，在換算汽、柴油零售價時，其中石油基金，以92無鉛汽油為例，95年係以0.382元/公升，96年~98年2月0.262元/公升，98年3月起0.216元/公升計列，與石油基金收取輸入汽油收取費率相同，而非以原油費率計算分攤後之金額。以92無鉛汽油為例，95年中油公司輸入原油每公升應繳0.279元石油基金，浮動油價機制內卻以輸入汽油0.382元/公升計列，其間存有0.103元/公升價差，同樣情形，96~98年2月價差0.093元/公升，98年3月~12月亦有0.077元價差。倘乘以各該期間汽、柴油銷量，合計自95年9月迄98年12月止之差額約達29.44億元。另外監委也發現，按經濟部能源局資料，95~97年石油基金因石化及出口油品等退費項目，金額比率分別達57%、61%及68%，但是也不見反映於浮動油價公式，回饋給消費者。
土汙費
原油煉製業者之土壤及地下水汙染整治費，出口退費比率偏高，實與原退費機制設制精神有違，允宜再加檢討改進。
監委程仁宏、洪昭男及李炳南發現環保署土污費最大宗繳費業者為中油公司與台塑石化公司等2家公司。91至98年間，中油公司繳納土污費金額為30億8仟萬餘元，出口退費核退金額為6億1仟萬餘元，淨繳額度約為24億7仟萬餘元，平均退費金額約占該公司總繳費總額19.8%。而台塑石化公司總繳納土污費金額為21億7仟萬餘元，出口退費核退金額為11億3仟萬餘元，淨繳額度約為10億3仟萬餘元，平均退費金額約占該公司總繳費總額52.4%。但是土污費原訂的退費機制是考量業者輸入化學物質過剩再行出口，並非為國內使用產生污染而設，中油、台塑石化都是進口原油加工成品後出口，與輸入化學物質過剩再行出口之退費原意不同。而且原油輸入後之加工煉製、輸送及儲存過程中均有污染土壤與地下水之可能，本項退費作法已屢遭各界質疑，本案監委一併要求主管機關環保署檢討土污費按產品出口金額比率之95%退費機制是否過高。