行政院環保署補助設置的台南縣北門鄉垃圾衛生掩埋場，縣府暨北門鄉公所事前未依規定進行地質鑽探及地下水位調查，導致掩埋場完工後，因地下水位過高無法使用，閒置長達4年，監察院財政及經濟、內政及少數民族委員會聯席會議於99年4月7日通過監委楊美鈴、洪昭男提案糾正環保署、台南縣政府、北門鄉公所，要求確實檢討改進。
提案監委楊美鈴、洪昭男提案指出，台南縣北門鄉垃圾掩埋場，存有五大缺失：
一、 臺南縣政府暨北門鄉公所未依規定進行地質鑽探及地下水位調查工作即決定場址，行政院環境保護署未善盡中央主管機關權責，行事鄉愿，遽予補助土地徵收費用及工程建設經費，連同地方政府共同出資達1億242萬餘元，完工後仍因地下水位過高無法使用，閒置長達4年餘，均核有違失。
二、 行政院環境保護署於場址擇定後，為求便於審查，將原規劃設計工程經費由1億餘元壓至低於4,000萬元，使地下水位過高問題無法改善，致該工程完工後無法依原規劃目的使用，顯有違失。
三、 北門鄉垃圾衛生掩埋場每噸垃圾處理單價，竟高於焚化廠處理費用，明顯不符經濟及成本效益，核有疏失。
四、 臺南縣政府對於專家學者勘查意見置若罔聞，盲目同意北門鄉公所請求復工，後續亦無相關工程技術改進方案，殊有不當。
五、 臺南縣北門鄉公所於完工後疏於維護管理，致該掩埋場部分設備於閒置4年期間遭竊或損壞，後續花費156萬餘元修復設施始能營運，惟營運情形仍不如預期，核有怠失。