糾正案文指出七項違失如下：
一、 科管局未能全盤瞭解環評法令修訂情形，於審核聯電公司租地建廠計畫時，未查明聯電公司是否應依法實施環評，即核發該公司雜項執照、建造執照，致遭質疑未作環評，由新竹市環保局處以行政罰鍰，並轉請目的事業主管機關，命其停止開發，致生民怨並損及政府形象，科管局怠忽職責，行事草率，殊有不當。
二、 國科會疏於監督科管局全盤瞭解環評法令之規定，致該局未全盤知悉環評法令之規定，衍生無謂爭端，損及政府公信力，違失之咎甚明。
三、 新竹市政府及前台灣省政府環保處，依水污染防治法施行細則第二十一條規定，審核聯電公司所提「水污染防治措施計畫」時，忽略該細則規定之審核依據，未主動查核聯電公司應否提出環評報告書，審查作業顯有疏失，難辭其咎。
四、 新竹市環保局未能查覺科學園區事業單位，於申請設立時，不符水污染防治法第十三條，及空氣污染防制法第二十四條規定之時序，應負查核不力之責任。
五、 環保署訂定之水污染防治法施行細則第十九條、第二十一條，未見整合相容，造成廠商無所適從，並坐失查核廠商，是否已依法作環評時機，應即檢討改進。
六、 環保署未能整合各環保法規對於「半導體工業」一致之法規定義，且沿襲經濟部對於半導體工業之定義時，疏於考量該定義執行之可行性，衍生執行爭議，致令業者無所適從，顯非有當。
七、 新竹市政府以「園區與社區環保、交通問題專案小組會議」名義，與新竹科學工業園區園區公會、科管局，討論分攤公共建設經費，雖非以「回饋金」名義，強制要求園區公會分攤經費，然部分業者，懼於該市府公權力，未免有特殊聯想，該市府做法殊屬可議。