糾正案指出八項缺失如左：
一、 署立醫院藥品聯標委員會組成與運作方式欠當，聯標品總數及藥品使用金額應予降低。
二、 署立醫院藥品之庫存量偏高，未善用電腦程式控管，週轉效率不彰。
三、 署立醫院未辦理全部衛材採購之區域聯標作業。
四、 署立醫院對於醫療儀器設備之採購，未能有效控管以辦理聯標作業。
五、 署立醫院非醫療人員之比例偏高，人力配置失當。
六、 部分署立醫院院舍老舊，未予整修，任令院舍及病床閒置；前台灣省政府衛生處規劃興建醫院工程，事前未精確評估，致投資浪費。
七、 精神病床總數不敷精神醫療需求，復未統籌調度利用現有床位，供需嚴重失衡。
八、 結核病、癩病之通報，流程繁複，慢性病防治局院及療養院名不符實。