有關107年春夏季腸病毒疫情於國內各地持續加溫，較過去兩年的發生率更高許多，亦發生新型病毒株及雙重病毒感染的個案，造成國內幼兒健康警訊等情一案。監察院內政及少數民族委員會於8日通過監察委員張武修提出之調查報告，促請衛福部、行政院督同所屬確實檢討改進。
監察委員張武修表示，臺灣於1998年發生空前嚴重腸病毒疫情，自當年3月到12月共得12萬例腸病毒確診，其中重症405人，死亡78人，其中9成為5歲以下小孩。本案調查報告指出主要之缺失及發現如下：
一、疾管署自100年起，在腸病毒防治之預防上，係規劃運用多元監測系統進行疫情預警。鑑於目前腸病毒已有上百種型別且其基因體突變性高，致歷年腸病毒每年流行之病毒型別不同，且所引起疾病亦不同，對臨床醫師及醫療院所徒增考驗。疾管署雖已建置國內腸病毒檢驗實驗室監測網絡，據以掌握腸病毒流行的基因型別、地理分布及季節性變化，提供及時預警及防疫政策參考。然近年來，疾管署腸病毒監測檢驗逐年遞減至原1/3量能，造成監測預警密度大幅縮減。疾管署允宜正視腸病毒監測預警之必要性，檢討現行社區監測檢驗量能及採檢點佈點之綿密度，以確實掌握流行之疫情並達到預警之功能。
二、為降低腸病毒感染機會及避免重大群聚事件發生，減少腸病毒感染併發重症之後遺症及死亡，疾管署自100年起已訂有「腸病毒防治」計畫。然去年腸病毒第一波流行期前適逢季節性流感流行期，而第二波流行期則與流感重疊，造成疾管署因應傳染病疫情需求統籌運用檢驗經費之編列方式，對於腸病毒疫情預警及流行期時病毒監測，嚴重出現檢驗經費不足及經費排擠，不啻為腸病毒防治一大警訊，疾管署允宜予以研議改善。
三、疾管署「腸病毒防治」計畫初段預防著重落實正確洗手等衛生習慣及觀念之養成與落實及醫護人員防治衛生教育知能之提升等工作。而去年4至7月腸病毒感染併發重症個案，主要集中於臺北區及東區，經該署及地方防疫機關訪視調查發現，重症個案疫情，不排除與就診接觸感染或院內感染有關，故相關防治專家在防治上建議，醫護照護人員手部衛生之落實及張貼腸病毒衛教海報，以加強向民眾宣導。但不少地方衛生局及醫療院所疏於提供民眾衛教宣導，亦有大醫院連宣傳海報亦未放置情形，雖疾管署已訂定腸病毒防治計畫據以執行，惟執行上仍有未能落實及宣導不周，且疾管署與地方衛生局及醫療院所橫向協調聯繫不足，疾管署允應研議加強改善。
四、為有效降低腸病毒危害，疾管署20年前已著手研發腸病毒疫苗，並自「急性傳染病流行風險監控與管理計畫」(100年至104年)第一期之「腸病毒防治」子計畫，開始將之列為腸病毒防治重要工作之一；然現階段腸病毒疫苗自製開發上，國內生技公司仍面臨產業發展、法規查驗及疫苗採購/市場拓展等問題，而影響腸病毒防治計畫需依賴腸病毒71型疫苗成為有效控制其重症及死亡的發生。原102年雖曾於行政院成立國家人用疫苗指導會報，但經5次會議，旋於104年1月停止設置，顯現政策之未落實，草率執行，且其中有重要部會首長5次會議完全缺席，大減其預期成效。再以現階段缺乏行政院層級疫苗政策指導與決策平臺，決定我國疫苗發展政策及進行跨部會整合，國內疫苗產業更面臨各面向問題與困境，亟待解決，包括國家衛生研究院研發腸病毒疫苗第一期後技轉予國光及高端生技公司不公平之技術合作，並放任不當延伸成疫苗商業製造，嚴重影響國內生技廠疫苗研發製造的正常成長，衛福部允宜及時矯正不良歪風，行政院允宜予以正視，並督同所屬經濟部、國家發展委員會及衛福部等，共同協助。另雖疾管署就腸病毒71型疫苗列入公費施打，進行成本效益評估，並認為效果有限，然疫苗自製產業現為各國政府生技產業扶植發展之重點項目，基於腸病毒疫苗自製產業之發展攸關國民健康、國家安全，以及國內生醫產業發展，行政院允宜再全盤考量正視。