新竹縣司馬庫斯由於部落總體營造極為成功，假日遊客絡繹不絕，大量生活廢（污）水亟待改善，遂爭取污水處理設備以維護水質。司馬庫斯部落水質改善示範工程總經費1,903萬元(環保署補助1,459萬元、縣府配合款444萬元)，由新竹縣政府負責發包，然完工後卻無法達到預期目標，致污水處理系統閒置荒廢。審計部就此事提出審核報告並送監察院，田秋堇、鴻義章、范巽綠監委立案調查，發現此工程處理過程確有缺失，甚有誤會原住民蓄意破壞設備之情事，調查結果糾正新竹縣政府。
該工程主要內容係於司馬庫斯部落分A、B兩區，各興建1座污水處理系統（A區位於大門旁有6個FRP槽、B區有4個FRP槽+生態池），完工後3年期間由廠商代操作、維護保養，再交由司馬庫斯部落管理。
然新竹縣政府環保局於103年3月完成驗收，完工不到半年，8月即陸續出現槽體破裂、控制盤電線損壞、廢（污）水溢流至地面等狀況，導致兩區污水處理均無法達到預期目標；部落族人向新竹縣政府反應，環保局要求廠商修復，但設備運轉仍有問題。
完工3年後（106年3月25日）新竹縣政府環境保護局接手，未積極研謀修復方案及因應對策，亦未定期辦理維護，任令污水處理系統閒置逾3年，致排放之廢（污）水水質不符放流水標準，影響環境衛生與集水區水質等，均有違失。
監察院社會福利及衛生環境委員會通過監察委員田秋堇、鴻義章、范巽綠之調查報告，提案糾正新竹縣政府。
糾正案文指出本案缺失如下：
一、新竹縣政府於示範工程完工驗收後，由廠商代操作的3年期間，未確實督促廠商確實辦理代操作與維護保養作業，導致 A區處理設備污泥堆積嚴重、廢（污）水未進入污水處理系統而直接排放；B區亦因廠商未依契約定期維護而未及時查覺槽體破損，未能有效解決設備損壞及維護保養等問題，致污水處理系統無法使用而閒置，核有疏失。
二、新竹縣政府於示範工程完工驗收3年後，自廠商接手A、B兩區污水處理系統之維護保養工作，接手時雖有部分設備損壞，惟鼓風機、曝氣槽、消毒槽等設備仍良好，該府未按操作維護使用手冊規定，按日、週、月、季等定期辦理維護，亦未就已損壞設備辦理修復動作或研提改善方案，任令污水處理系統閒置逾3年，致排放之廢（污）水水質不符放流水標準，影響環境衛生與集水區水質，確有怠失。
監察委員田秋堇、鴻義章、范巽綠強調，除上開糾正事項外，本案調查報告另指出：環保署於本案之改善計畫規劃過程，允宜與新竹縣政府、尖石鄉公所及司馬庫斯部落代表密切溝通聯繫，並匡列部落未來可容納之污水處理容量，新竹縣政府執行改善計畫工程及後續維護操作亦應以前案缺失為鑑，務使司馬庫斯部落成為永續環境的示範生態部落，以符實際。