交通部臺灣鐵路管理局辦理後勤支援管理系統（MMIS）及成本管理資訊系統（CMIS）採購案，明知兩採購案係屬同一採購契約並由同一廠商進行開發，卻未於契約中明訂CMIS系統之功能應納入MMIS驗證範圍，以做為MMIS完成履約之必要條件，導致二系統已耗費公帑新臺幣（下同）2億7,447萬餘元，迄今均在訴訟中，尚未完成驗收。監察院交通及採購委員會12月10日通過監察委員蔡崇義、田秋堇提案，糾正交通部臺灣鐵路管理局（下稱臺鐵局），並要求議處相關失職人員。
監察委員蔡崇義、田秋堇表示，臺鐵局為結合後勤支援管理各子系統，掌握車輛維修成本，提高維修保養品質，於99年間規劃建置後勤支援管理系統（MMIS）。同期間配合國際會計準則(International Financial Reporting Standards,IFRS)實施，亦規劃辦理成本管理資訊系統（CMIS），其中車輛修造管理與工廠會計及材料管理與材料會計模組需與後勤支援管理系統介接整合。該局為避免重複建置、減少系統介面及相容性問題，於99年12月29日核定，將後勤支援管理系統有關車輛修造管理與工廠會計，及材料管理與材料會計之功能需求，納入成本管理資訊系統，預計約可節省850萬元，並於100年11月17日將二系統併案公告招標，於101年1月18日決標予大同股份有限公司（下稱大同公司或立約商），並於101年2月14日簽約，契約金額4億158萬元，其中後勤支援管理系統2億6,793萬餘元，建置期程1,275日曆天，104年8月11日完工，分六階段（其中第五階段為完成系統整合及測試；第六階段為試運轉）。成本管理資訊系統1億3,364萬餘元，建置期程為簽約日起2年，103年2月13日完工（硬體建置與系統建置第一階段，簽約日起1年內完成；系統建置第二階段，簽約日起2年內完成）。
兩位委員於調查報告中指出：
一、臺鐵局明知後勤支援管理系統（MMIS）及成本管理資訊系統（CMIS）已合併招標，係屬同一採購契約並由同一廠商進行開發，卻未於核定立約商所提專案管理計畫書時，要求立約商訂定該二系統整體開發進度時程表及整合驗收測試里程碑，以作為進度控管及檢討依據；復未於契約中明訂CMIS系統之功能是否完整、是否已完成建置等，應納入MMIS驗證範圍，以做為MMIS完成履約之必要條件。且未有效督促立約商依照契約規定期程依序執行，以致後勤支援管理系統完成後，無法介接成本管理資訊系統進行驗收測試及上線。該局自與廠商簽約辦理開發建置案至通知廠商終止契約日止，已歷時6年9個月，耗費公帑2億7,447萬餘元；且該二系統目前均在訴訟中，迄未完成驗收，無法改善既有之機務檢修系統及材料輸補系統缺失，影響維修效能，確有重大違失。
二、成本管理資訊系統開發進度嚴重落後，臺鐵局未依契約第8條規定限定完成履約之最終期限，即時處理，僅消極召開檢討會議督促立約商改善實測缺失，致系統建置持續延宕，且迄未依契約規定收繳立約商逾期違約金；另該局於該系統開發逾契約規定完工期限4年9個月始通知廠商終止契約，亦經工程會採購申訴審議判斷，認為「履約延遲及終止契約實非可全歸責於申訴廠商……將之刊登政府採購公報，亦不符合比例原則」。由於成本管理資訊系統遲未完成，致106年3月試運轉完成之後勤支援管理系統無法與其介接進行驗收測試及上線，相關硬體因而閒置，核有重大違失。
三、臺鐵局及專案管理廠商審查後勤支援管理系統相關文件作業天數，超過契約規定甲方審查合理天數達236天，審查作業效率不彰；另未督促立約商先完成成本管理資訊系統，即同意系統整合測試階段採部分程式模擬系統介接方式進行，復於試運轉階段仍未驗證系統介接功能，即核定系統已完成試運轉，致立約商以臺鐵局完成試運轉卻拒不驗收為由向法院提出訴訟並暫停系統測試，進而無法驗證系統實際介接功能是否符合契約規定標準，交通部允宜督促臺鐵局查處相關人員行政責任，依約追究專案管理廠商責任，並將懲處結果及追究廠商責任辦理情形陳報本院，以達糾錯目的。