106年1月臺灣士林地方檢察署檢察官以浩鼎公司張念慈用3,000張浩鼎股票行賄翁啟惠，將翁啟惠起訴。臺灣士林地方法院審理後，宣判翁啟惠無罪，108年1月檢方最後決定不上訴。但是檢察官偵辦浩鼎案期間，因偵辦人員涉嫌洩漏案情，致新聞媒體大幅報導偵查案情內容，讓社會大眾對被告或犯罪嫌疑人產生預斷，已影響其受公平審判之權利。監察委員王幼玲、蔡崇義調查報告指出，此案被告翁啟惠最後雖獲無罪判決，仍造成其等名譽、隱私、工作、身心壓力等嚴重損害。檢察官對於貪污案件之偵查、限制出境、起訴等，攸關被告公務員聲譽，於辦理重大貪污案件時，宜以更謹慎的態度、遵循證據嚴謹及偵查不公開原則，保障民眾權益，以落實106年司法改革國是會議決議。監察院司法及獄政委員會於109年4月15日審查通過調查報告，函請法務部轉飭所屬檢討改進及請法務部本於權責檢討。
監察院調查報告說明，106年7月4日監察院以中研院前院長翁啟惠於任職期間假借權力以圖本身及他人利益，嚴重損害政府之信譽，通過彈劾；違法失職之事實及彈劾理由，包括翁啟惠同意收受浩鼎公司150萬股技術股、協助圖利潤雅公司、未依法據實申報財產及應揭露可能發生利益衝突之情事而未予揭露等節。嗣公務員懲戒委員會僅就被付懲戒人以其妻名義所擁有之浩鼎公司股票未依法據實申報，及未揭露可能發生利益衝突之情事部分判決申誡。
然翁啟惠對本院以違反公職人員財產申報裁罰60萬元提起訴願，監察院訴願訴願委員會於108年3月決議撤銷原處分；至於未揭露利益衝突事件，監察院廉政委員會於108年2月、109年3月兩度以「尚無具體事證堪認翁啟惠違反公職人員利益衝突迴避法規定」為由，決議結案存查。
另士林地方法院106年度矚重訴字第1號判決，法院釐清技轉流程、財物流向及中研院院長沒有介入技轉之職權，亦從未干涉技轉，判決翁啟惠無罪。(附圖)
調查報告函請法務部轉飭所屬檢討改進及函請法務部本於權責檢討之事項，分述如下：
1、檢察官偵查案件，舉凡有利或不利於被告之情形，均應予同等之注意，其不利於被告之情形有疑問者，須待證明，倘不能為不利之證明時，即應為有利之認定。又檢察官偵辦浩鼎案期間，因偵辦人員涉嫌洩漏案情，致新聞媒體大幅報導偵查案情內容，讓社會大眾對被告或犯罪嫌疑人產生預斷，已影響其受公平審判之權利，最後雖獲無罪判決，仍造成其等名譽、隱私、工作、身心壓力等嚴重損害。本件係社會矚目之重大案件，檢察官對於貪污案件之偵查、限制出境、起訴等，攸關被告公務員聲譽，本院仍期許作為刑事訴訟程序把關者的檢察官，於辦理重大貪污案件時，宜以更謹慎的態度、遵循證據嚴謹及偵查不公開原則，保障民眾權益，以落實106年司法改革國是會議決議。另士林地檢署雖查無確切證據足以證明新聞媒體究係透過何管道取得案情訊息，惟陳訴人向檢調回答內容，媒體全部披露進而扭曲，許多僅檢調持有之機密文件，媒體公開刊登並惡意引申，而不得不令人懷疑案情洩漏之可能，法務部允宜檢討，並嚴加規範注意。
2、法院無罪判決後檢察官不予上訴，並非當然代表檢察官濫權起訴，且針對重大案件、貪瀆案件，檢察機關107年無罪審查運作方式，避免人民訟累，貫澈檢察一體的審查機制，本院予以肯定，惟檢察官應行注意事項是否因應檢討修正，是否將107年無罪審查運作方式檢討納入該注意事項作為通案性原則，請法務部本於權責檢討。又技轉涉及高度生技專業，執法人員需要耗費大量人力資源處理類案，此案為鑑，允宜加強教育訓練。另士林地檢署檢察官擔任翁啟惠案公訴檢察官期間，有卷證不熟悉、未依限完成論告等情事，士林地檢署以其執行該蒞庭業務怠於執行職務、欠缺敬業精神，107年職務評定評定為未達良好，並經法務部核定、銓敘部審定在案。