法醫師執行相驗、屍體檢驗、屍體解剖，及受委託進行死因、人身、創傷等鑑定，提供司法機關鑑定意見，其鑑驗品質為伸張正義、維護人權的重要環節。法醫制度如落後，將傷害司法公信力，例如蘇建和等3死囚案，到底凶器為幾種?因被害人2人的屍體皆未解剖，纏訟多年無法確認。又如319槍擊案，檢察官偵結認定係陳義雄1人所為，且事後畏罪自殺，但陳義雄的屍體於相驗後未解剖即火化，致檢察官偵結之結果為信者恆信，不信者恆不信。
監察院早於85年間，鑑於我國得執刀解剖之公職法醫師僅20人，即立案調查並指出法醫師缺額過高，大部分的相驗、檢驗業務由未經專業訓練的檢驗員擔綱等問題，當時即曾提案糾正法務部；之後政府推動法醫制度改革，91年4月25日醫界向總統提出建言，93年台灣大學法醫學研究所開始招生，94年3月7日行政院函請立法院審議法醫師法草案，在立法院審查時，時任法務部部長施茂林在立法院強調：法醫師的來源不能再仰賴醫界人才，需另闢人才管道，將法醫師考試、證照、執行業務等自成獨立體系，與醫師澈底分流，藉以解決目前法醫師人才短缺之困境等語。嗣法醫師法於94年底立法完成，95年年底法醫師法正式施行，然而行政部門顯然溝通不良，之後法務部主張之法醫師新制度與衛福部相關病理醫師之爭議越演越烈，導致法醫師新制度進退兩難，迄今新制度上路已13年餘，目前專責解剖之法醫師人力更降至僅僅3人，要負責全國每年1500-2000件解剖案件。這13年來，各地方檢察署雖有進用新制法醫師28名，但最離譜的是這28名新制法醫師卻不能執行解剖，且全國仍有22名檢驗員在執行相驗及檢驗業務，可見法醫師的新制度完全失敗。我國在2018年的人口全死解剖率為0.8%、非自然死解剖率為7.1%、每百萬人口解剖法醫人數約0.3人、每位法醫解剖案件數約450件，與其他國家例如美國(2008)、德國、瑞典(2009)、澳洲(2009.7至2010.6)等相比較，可說是落後甚多。且臺灣大學法醫學研究所近年來的入學人數與畢業人數均銳減，迄107學年度為止，該所甲組畢業生9人(即原本具有醫師之身分就讀者)無人在畢業後改任法醫師，乙組畢業生50人，雖有28人擔任公職法醫師，但卻不能執刀解剖，完全無助於解決此項業務困境。
監察院司法及獄政委員會於108年11月通過法醫師整體制度的調查報告，調查發現法醫師制度有下列失當及待改善之處。茲分別臚列如下：
一、 法醫師法既已立法完成13年餘，行政院應督促法務部及衛福部依法行政。
二、 就法律面而言，法醫師法是刑事訴訟法的特別法，行政院應協調司法院儘速修正刑事訴訟法第216條及218條。
三、 法醫師的培育方面，行政院應協調相關部會暢通新制法醫師的生涯發展及升遷管道，並鼓勵病理專科醫師投入法醫領域。
四、 法醫師訓練方面，行政院應協調相關部會解決新制法醫師無法進行臨床訓練的困境。
五、 用人面而言，行政院應協助法務部充實專職法醫師的員額。
六、 就展望面而言，行政院應協調相關部會挹注教學醫院發展法醫部門的必要資源。
七、 政府應鼓勵各教學醫院運用整合醫療及法醫鑑定，發展兒虐、家暴等事件之臨床法醫，協助婦幼保護及司法偵審鑑定，並宜擴及兒童死亡案件解剖及死因鑑定。
行政院院長或相關部會首長回應：
法務部蔡清祥部長：
一、法務部為解決法醫師法實施後所遭遇之困境，已多次邀集法醫界、醫界、衛福部等，就如何讓公職法醫師得解剖、如何讓醫師取得法醫師資格、公職法醫師與病理法醫師如何合作完成刑事司法鑑定等議題進行討論。
二、法醫研究所將與已設立法醫部門之中國醫藥大學附設醫院研商提升解剖鑑定費用事宜。
三、法務部已規劃於北中南設立3D CT掃描儀作為解剖鑑定之輔助。
四、為強化兒虐案件死因鑑定，法務部已與衛福部合作針對6歲以下兒童規畫建立「小兒專科醫師諮詢制度」，提昇鑑定品質。
衛生福利部部長陳時中：
解剖需由具醫師資格者為之，將透過公費法醫師及醫院評鑑等方式，留住法醫人才。
陳副院長其邁：
94年法醫師法修法後，採法醫師與醫師分流制，致法醫研究所畢業生醫療臨床經驗不足，但法醫師對司法偵審有其重要性，需有足夠誘因留住好人才，請監察院給予一段期間，由本人召集法務部、衛福部、教育部、主計總處及人事總處等機關共同研商，提出解決方案。