針對臺南市議會陳訴，臺南市市長賴清德、副市長顏純左及衛生局局長林聖哲督導防疫系統失靈，致登革熱疫情一發不可收拾，且疑似死亡案例驟增，涉有失職；另臺南市政府衛生局防治登革熱措施未當等情案，監察院內政及少數民族委員會於今(6)日通過監察委員章仁香、江綺雯及方萬富之調查報告並糾正臺南市政府。
調查報告指出，104年臺南登革熱疫情長達6個月失控，造成該市22,760例登革熱病例，112人死亡，疫情確診病例及死亡人數為該市歷年之最，並指陳臺南市市長賴清德、副市長顏純左及衛生局局長林聖哲等人，在督導防疫人員執行相關措施上，應予深切檢討。
調查報告共列出15項調查意見，其中針對臺南市政府在執行孳生源清除及化學防治上未確實、無法有效並及早發現孳生源、化學防治用藥未依衛生福利部疾病管制署(下稱疾管署)指示、防疫指揮體系紊亂、社區動員不足……等提出10項缺失，並糾正其中5項；另有5項要求疾管署及行政院環境保護署(下稱環保署)檢討研議改善措施。本案糾正及相關缺失摘述如下：
糾正部分：
一、疏忽疫情：104年入夏第1例登革熱疑似病例通報及確診後，臺南市政府未能及早發現孳生源，致病媒蚊密度不斷提升，無法阻斷登革熱病媒蚊傳播，造成群聚感染，疫情蔓延擴散，核有疏失。
二、噴藥紊亂：為避免登革熱病媒蚊產生抗藥性，疾管署經藥效試驗結果，指示臺南市政府104年化學防治藥劑使用期程及調配濃度，然該府在噴藥實施上，各行政區各行其是，用藥紊亂，化學防治無法有效發揮，疫情失控，顯有疏失。
三、指揮機制失序：臺南市政府為對抗登革熱肆虐，訂有104年登革熱防治計畫區級疫情指揮中心成立條件，以及疫情緊急時，拉高指揮層級，成立市級登革熱流行疫情指揮中心，以進行防治工作之整合及統一指揮調度。然各區級指揮中心成立時間不一，有的甚至晚於市級指揮中心。除防疫各行其是，無法有效整合外，亦有上下指揮系統無法配合之情形，防疫指揮體系紊亂，致使疫情擴散，顯有不當。
四、平時疏於專業培訓：臺南市政府104年登革熱化學防治作業，係採個案病例、區塊化學及防火牆區域防治進行，然因該府環境保護局施藥人員專業訓練過晚，無法有效配合各階段的化學防治措施，在家戶防治方面亦出現任由民眾自行施藥之亂象，化學防治成效不彰，造成該市病例於8月及9月份快速上升；又化學防治後之成效評估，無法立即確認，難謂允當。
五、未定期清除孳生源：登革熱之孳生源清除，係配合病媒蚊繁殖週期，需定期持續，方具成效，然臺南市政府對於各行政區之社區動員情形未能掌握，疑有延宕且頻率過低；又防疫期間，社區動員進行孳生源清除工作執行不力，致疫情無法有效控制，難辭其咎。
調查報告另點出疾管署及環保署等中央機關缺失：
一、104年我國登革熱疫情在中央流行疫情指揮中心成立下，整合中央及地方政府資源，並規劃提出整體之防疫措施，對疫情之控制確有助益，然疾管署未能及早考量臺南市政府防疫能量之不足及疫情蔓延之需要，及早成立，確有可議之處。
二、登革熱防治分為平時及流行期，並有不同措施因應。然疾管署、環保署及臺南市政府在擬定年度防治計畫上，未針對平時及流行時期之工作目標加以區分，衍生流行期病媒蚊密度監測值雖未達工作目標，但年平均值卻符合目標，致防疫成效難以辨識，防治計畫所訂工作目標之成效考核，顯欠周延。
三、目前疾管署將登革熱防治與其他傳染病整合，其規劃採4年至5年為1期之中長程計畫，然因近年氣候因素變動，異於以往，對登革熱疫情之影響連年加劇，所規劃之經費預算難以滿足各年防疫所需，已連年動支第二預備金支應，非屬常態，疾管署允應檢討並研議登革熱防疫計畫調整之必要性，以切近防疫實際之需。
上述之糾正及檢討事項一併要求臺南市政府、疾管署及環保署審慎檢討並改進。