臺北市政府辦理臺北捷運新店線新店機廠聯合開發案，建築物分配機制及人工地盤與權益分配過程諸多違失，監察院交通及採購委員會101年12月11日通過並公布監察委員馬以工、馬秀如、林鉅鋃、李復甸提案，糾正臺北市政府。
糾正案文指出本案缺失如下：
一、 臺北市政府依規定，對於臺北捷運新店機廠聯合開發案，應先「無償取得本開發案捷運設施需用之樓地板面積及捷運系統需用之室外空間」；負擔建造費用取得「因聯合開發變更都市計畫或區域計畫而增加之可建樓地板面積之半數」及「依聯合開發辦法獎勵規定而增加之可建樓地板面積之半數」，並「無償取得上開三建物（含共同使用部分）所應持分之土地所有權」，捷運局及臺北市政府竟與投資人直接進行權益分配，有嚴重違失。
二、 本開發案權益分配，北市府與投資人協商時，低估北市府土地貢獻成本，壓低北市府可分配權值；投資人評估建物成本刻意灌水，提高投資人權配比例，損及北市府權益；且權配報告書竟無核定本，全面採信投資人提供資料，審定過程欠缺透明，淪於黑箱作業。
三、 有關覆蓋於捷運軌道上方「人工地盤」，92年間經捷運局認屬捷運系統順利營業所需，視為捷運設施一部分，並排除建築法之適用。依法及雙方契約約定，臺北市政府應優先無償取得建物及土地所有權，且應符合開放供公眾使用不得擅自封閉等公益性，才符合法制。
四、 聯合開發案土地所有權，依北市府與投資人雙方實際分得建物佔全部聯合開發建物比例持分，權益分配程序顯然倒果為困，且原公有土地比例高達99.24%，私有土地僅佔0.76%，竟透過聯合開發權益分配，將高達69.25%公有土地轉為私有，全然不合比例原則。本開發案土地所有權，主管機關先以徵收強制手段改為公有，再透過聯合開發轉為私有，與捷運局自認辦理聯合開發「土地設定地上權，俾利捷運系統通過」準則相互矛盾。
五、 本案未依規定降低商業、辦公開發規模，增加住宅規模達法定容積3.8倍，規模失控，有違都市計畫細部計畫規定。
六、 本開發案79年間主要計畫未規定容積率，但參考相關法令計算所得基地容積率僅34%，另依88年細部計畫所載容積率卻暴增為187%，加計獎勵容積後，本案實際開發容積率高達241%，為主要計畫開發強度7倍多；本案地價基期以80年3月28日為依據，地價明顯低估，辦理過程明顯有缺失。
七、 聯合開發案權益分配辦理程序，主辦機關捷運局未依規定評估「土地貢獻成本」、「建物貢獻成本」委託鑑價報告，僅依委託鑑價結果，估算地主與投資人權益分配比例，提報「權益分配工作小組」決議，實有違失，捷運局辦理過程因循苟且，徒具形式。
八、 臺北都會區捷運系統路線、場、站土地及其毗鄰地區土地聯合開發，有關「權益分配」法規有不合理之處，應該檢討修正。