國立臺灣大學醫學院附設醫院器捐勸募小組負責醫師柯文哲，授權不具醫師身分的內勤人員及協調師開立醫囑，及判讀檢驗報告，造成臺大、成大器官移植團隊，在前述人員錯誤判讀下，將愛滋感染者捐贈的器官，移植於5名病患，醫師團隊也暴露感染危險，違反醫師法、醫療法等相關規定，監察院101年8月14日通過並公布監委尹祚芊、李復甸提案，彈劾臺大醫院器捐勸募小組負責醫師柯文哲，全案移送司法院公務員懲戒委員會審議。
彈劾案文指出，本案違失包括：
一、 柯文哲將開立醫囑及判讀檢驗報告的業務，授權不具醫師身分的內勤人員及協調師執行，怠忽職責，並違反醫師法第11條、第12條與醫療法、人類免疫缺乏病毒傳染防治及感染者權益保障條例第11條，以及死後器官捐贈者標準等相關規定。
二、 柯文哲疏於檢討器官捐贈檢體檢驗結果的確認機制，又未依據臺大醫院醫療作業常規執行判讀業務，違失事證明確。
三、 柯文哲疏於對所屬勸募小組協調師規劃完整訓練課程，且未督導考核學習成效，即授權專業經驗尚淺的協調師執行移植手術前置作業，有重大違失。
四、 柯文哲在啟動本次器官移植的前置作業，未親自執行開立檢驗醫囑，也未判讀確認捐贈器官各項檢驗結果，更未對檢驗結果進行複核，完全任意授權給資淺又經驗不足之護理師，造成5名患者接受愛滋感染者的器官、多名醫師、護理人員也有遭到感染的風險，使臺大醫院多年建立的醫療口碑與我國際形象，嚴重受到損害。