行政院89年貿然停建施工逾3成的臺電核四工程，造成增加工期44個月及不必要損失1,870億元，未來核四是否安全運轉，因而屢遭質疑，監察院財政及經濟委員會101年3月20日通過並公布監委陳永祥、馬秀如提案，糾正行政院、經濟部及臺電公司。
糾正案文指出本案缺失如下：
一、 行政院89年10月27日貿然停建進度已達33.81%的核四工程，引發朝野紛爭及政局不安，造成停工110天。復工後工期延宕、預算追加、鉅額損失及品質安全疑慮。行政院決策過程草率，不計後果，一意孤行，視國家重大建設如等閒，違法失職，難辭其咎。
二、 經濟部成立「核四計畫再評估委員會」，未採納專家及臺電專業建議，有球員兼裁判及預設立場之嫌，立場偏袒，有失公允；經濟部為核四計畫督導機關，對於臺電公司事後三度詢問核四停建相關疑義，一再模糊虛應，致所屬無所適從，怠忽職守。經濟部預設立場在先，缺乏政策擔當在後，確有可議。
三、 臺電公司為迎合上意，在行政院貿然宣布停建核四當日，未待上級機關正式函示或召開董事會應變，立即由公司高層以口諭方式擅自傳達停建核四。國外廠商部分，竟由核能火力發電工程處計畫工程師署名，倉促發函指示廠商無限期停止契約執行，有違行政常規，行事草率，不顧後果，影響股東及全民權益，臺電公司咎由自取，顯有失職。
四、 臺電公司核四工程未採統包方式辦理，又無總顧問協助整合數百件標案複雜施工界面，臺電對核四技術專業不足及管理不善，衍生諸多缺失，甚至未來核四是否安全運轉也遭質疑，行政院暨所屬相關部會、臺電公司均難辭其咎，須澈底檢討改進，具體提出品質安全保證，以除民眾疑慮。
五、 行政院自行宣布停建核四及臺電通知廠商暫停合約執行，再評估期間及停工110天造成採購作業延宕，停工造成部分工程終止合約及廠商人員離退、財務發生困難，復工後又陸續遭遇廠商倒閉、砂石供應短缺、兩波原物料價格大幅上漲等影響，使履約爭議惡化及責任難以釐清，核四工期至少延宕89個月；核四計畫已4次修訂期程，目前已逾一號機展延後預訂商轉日期，仍未提出第5次修訂計畫期程，實有不當。
六、 核四110天停復工，僅計入復工後直接增支經費及使用高價火力發電之機會成本，損失已高達1,870億元，損失金額尚未考量國家信譽等傷害，可見核四停建決策草率不當造成驚人代價，將由全民共同承擔。