監察院15日下午召開財政及經濟委員會、內政及少數民族委員會聯席會，會中審查監察委員沈美真、馬秀如及王建煊所提之國務機要費案調查報告，通過糾正行政院主計處，並函請總統府檢討改善：行政院主計處處理總統府國務機要費案，遲未派員調查，對審計部函請處理事宜藉詞推諉，怠延查復或未予處理，嚴重斲傷審計權，對國務機要費之性質不但未明確釐清，反以不相干之大法官會議解釋增加混淆；總統府會計處因循苟且，未能落實內部審核及妥善保管憑證之責，致國務機要費之帳務處理未能反映支出之實情；總統府秘書長於總統府聲譽大幅受損時未積極處理，且數次拒絕審計機關之查核，均有違失。
提案委員之一的馬秀如針對國務機要費是否具特別費之性質一事，於會後強調，國務機要費計畫之內容及支用之項目(如犒賞、勞軍）多年來少有改變，但所使用之預算科目（如特別費、機要費等）則有變動，而各個預算科目除傳達支出之性質（如特別費、機要費等）外，亦彰顯所需核銷程序之嚴謹及連帶內部控制之寬嚴程度。科目不同，所需控制之寬嚴亦不相同。監察委員尊重預算科目所傳達之訊息，以及機關藉選用該等科目而透露之意願。
國務機要費所使用之預算科目，在民國86年以前，主計處容許一級科目為「特別費」，二級科目為「首長特別費」，總統府雖選擇「特別費」作為其一級科目，但當時即未選用「首長特別費」作為其二級科目，次(87)年，主計處雖禁用「特別費」為一級科目，但容許其作為二級科目，不過總統府仍主動不選用該科目。自90年起，總統府在業務費項下有「機要費」、「機密費」及「特別費」三個二級科目可選擇，總統府年年均選「機要費」，而捨「特別費」，因此現在自不能宣稱「機要費」兼具「特別費」之性質。
其次，觀察國務機要費的金額（$33百萬~$56百萬），與一般機關首長之特別費（$5千~$340千）相差甚鉅；再者，若國務機要費為總統之特別費，則這項特別費之金額為其薪水的6到9倍，亦背離一般首長之比例。還有，總統府已在國務機要費中明示編列特別費供副總統及秘書長支用（即使審計部反對），行政院規範中央各機關首長、副首長特別費列支標準，自87年起即已增列副總統，因此若有需，總統自當與副總統並列，依法編列特別費預算。
馬委員接著表示，首長特別費之核銷，較一般支出寬鬆，半數得使用領據，是因主計處於87年正式發函核准之故。領據這種憑證，上面無法註明錢最後是付給誰、為何支付。機要費不但一直未取得類似放寬控制之授權，而且早在民國85年即有立法委員沈富雄質疑國務機要費太過寬鬆、作業黑箱；政權輪替後，在野黨民意代表亦多注意及此。在這種情況下，要放寬內部控制並取得核准之可能性甚微。總統府不但未取得放寬控制之授權，還承諾憑證要妥為保存，並於自己所訂定之「總統府國務機要經費支用程序作業規定」明示。支出之結報方式本應由支出之性質來決定，例如首長特別費之特殊性使其結報得採較寬鬆之領據，但反過來，若先有打算採用之結報方式(如領據)，再「決定」支出之性質(如特別費)，則屬本末倒置，勢將造成會計制度之紊亂，更有不宜。
此外，調查意見中亦指出，國務機要費分為由總統府會計處保管之非機密費，及總府秘書室保管之機密費兩部分；前總統陳水扁明知國務機要費須因公使用，竟將該費部分挪為私用；以私人支出之單據及不實犒賞親近屬下之印領清冊，虛偽報支非機密費部分；又將機密費部分之賸餘款搬運回官邸，侵占政府資金；還於總統辦公室內設置保險箱，放置達數千萬元之鉅款，經手其進出，視總統辦公室為私人金庫。領取公帑之總統府公務員則猶如宅府家丁。迨媒體大幅報導國務機要費「報假帳」等情事，則不惜浪費國家資源，一再亟力設法遮掩：如拒絕審計、聲請大法官釋憲、將不具機密性質之非機密費部分的支出憑證簿及支出傳票核定為絕對機密，違反國家機密保護法第5條第1項「國家機密之核定，應於必要之最小範圍內為之。」之規定，次次均有辱官箴與總統職位之尊榮，嚴重斲傷總統府內部控制之有效性、降低政府之效能，及損傷國家之形象，缺失嚴重；又陳唐山前秘書長則在媒體大幅報導國務機要費有報假帳等情時，未積極處理，且數次拒絕審計部查核，使真相不明，不但未符秘書長之職高責重，且違背法令，均辜負國民付託。