歷經1930年霧社事件之現今「國立臺灣大學生物資源暨農學院附設山地實驗農場」（面積約1,092公頃，簡稱臺大山地農場），原屬日治時期「能高郡番界地」之「高砂族保留地」，疑因政治素而遭日本政府於1937年將其圈劃為「臺北帝國大學」山地農場，實際上並未供教學試驗使用。然臺灣光復後自47年起辦理全省原住民保留地測量登記期間，原臺灣省政府民政廳卻未將其登記為原住民保留地，以保障原住民族土地權利；內政部及行政院亦未查明臺灣大學實無使用需求，即草率於58年間同意將土地撥交該校使用；而該校取得土地後竟將土地委外種菜及培育菜苗對外銷售，藉此獲取高額利益，顯已嚴重侵犯原住民族土地權利，並違背公地撥用目的與農場設立之宗旨。監察院內政及少數民族委員會、教育及文化委員會聯席會議，於108年7月4日通過瓦歷斯．貝林及高涌誠委員所提調查報告及糾正案，並決議糾正行政院、原住民族委員會、內政部及國立臺灣大學。
調查委員瓦歷斯．貝林及高涌誠委員指出，臺大山地農場與當地原住民族間之土地權利爭執與歷史，可上溯至日治時期，然臺灣光復後，弱勢之當地原住民族非但土地權利未獲回復，更遭不當驅逐而被迫離開其祖先所留下之土地，部分原住民亦蒙受民、刑事訴訟之對待，甚至有夫妻同遭判刑之慘狀。為澈底釐清事實真相，乃立案調查。
經調查發現，日本政府於1930年霧社事件後，旋於1937年以教學研究與試驗名義，逕於五萬分之一地形圖，將位處霧社事件發生地域及鄰近地區原屬「能高郡番界地」之「高砂族保留地」，即相當於現今南投縣仁愛鄉臺大山地農場約1,092公頃土地，圈劃為「臺北帝國大學」山地農場，原已侵犯原住民族土地權益，且當地甫經霧社事件後旋即進行該農場之劃設，益見其劃設動機之可疑；又日治時期之「臺北帝國大學」乃至臺灣光復後據以成立之臺灣大學，對於該農場亦空有農場之名，而多未有實質使用乃至進行農場教學研究與試驗使用之實，部分土地亦持續由當地原住民等民眾使用中；且臺灣大學於臺灣光復後對於原屬「臺北帝國大學」之上開「大學山地農場」土地，亦因未獲准留用而不具管理使用權，然原臺灣省政府民政廳於47年至55年辦理該省原住民保留地測量定界期間，竟昧於上開事實，而未依行為時「臺灣省山地保留地管理辦法」等有關法令規定，將上開農場土地納入測量，據以賡續辦理原住民保留地總登記，以資回復及保障原住民族土地權益，致使當地原住民於後續飽受訟累，甚至夫妻同遭判刑，確有違失（原臺灣省政府民政廳原住民保留地業務，業因精省而自88年7月1日起移撥原住民族委員會辦理）。
此外，鑑於國有土地乃全民資產，國家將國有土地撥交中央政府各機關管理使用，應以其直接需用者為限，並須與該機關權責相關，且撥用後亦須依撥用目的使用，始符合公地撥用之精神與制度，而其撥用後之土地所有權仍維持為中華民國公法人所有。本案行政院及內政部忽視臺大山地農場土地原屬日治時期「能高郡番界地」之「高砂族保留地」，理應優先歸由原住民族使用並登記為原住民保留地之背景；復未詳查臺灣大學於34年間成立後，已先於38年間自臺灣省政府撥交取得規模龐大之日治時期「東京帝國大學農學部附屬臺灣演習林」土地（即現今地跨鹿谷、水里、信義三鄉，面積高達32,770公頃之臺大實驗林），而難認該校有再撥用本案農場土地之需求，卻仍於58年間同意臺灣大學無償撥用，取得該農場土地管理使用權，明顯欠缺公地撥用之適法性與正當性，亦有疏失（經調查，該農場土地撥用迄今之使用率亦僅約6.87％）。
至於臺灣大學於58年取得本案山地農場土地後究係如何使用土地呢？原來該校取得土地後，先於65年至85間將農場部分土地委外種菜收取利益，招致當地原住民質疑「寧將原住民土地交付漢人種菜收取利益，卻拒將土地返還原住民」；嗣又將農場部分土地用以培育菜苗對外銷售，每年賺取上千萬元收入，更於106年間發生育苗失誤而賠償新臺幣1,484萬餘元巨款之疏失，明顯不符原奉准撥用土地之目的，亦有違該校山地農場設立宗旨，違失之咎甚明。
最後，由於本件調查案亦涉及當地原住民王君申請增編原住民保留地而遭臺灣大學拒絕之個案，調查委員針對此一個案指出，陳訴人王君前以臺大山地農場內翠峰段144-1等地號係承受自其父與祖先而持續使用之土地，乃於97年2月間申請增編為原住民保留地，經仁愛鄉公所、南投縣政府及原民會審核通過，嗣臺灣大學以該等土地係該校於65年至85年間委託相關人張君種菜之範圍，自非王君之父、祖所使用等由，而不同意該申請案，惟查該校在相關疑義未確實釐清且原民會亦未正式為否准處分前，即率於98年8月間訴請拆除上物並返還土地，實有待商榷；至於上開訴訟案雖經法院判決王君敗訴確定，惟現經發現翠峰段土地存有明顯地段重疊問題致已動搖法院判決基礎，業經臺灣大學相關人員到院接受詢問時允諾將暫停執行；另本件增劃編申請案既經申請人出具四鄰證明，嗣亦經上開相關人張君於臺大山地農場105年4月7日會勘時，表明其種菜位置與本案申請增劃編之土地有別，並有張君簽名確認之會勘紀錄可稽，足見上開臺灣大學之主張非無疑義，從而本案臺灣大學除非有委外種菜範圍之實地測量等確切資料以資佐證，否則允宜本諸保障原住民族土地權益之精神，從寬對相對弱勢之原住民申請人為較有利之認定。
綜上違失情節，監察院要求行政院應本諸憲法增修條文第10條第12項、原住民族基本法及聯合國《原住民族權利宣言》有關原住民族土地權利保障之規定意旨，切實督促有關機關檢討改進並依法妥處；而職司高等教育及教學研究且學術地位崇高，卻坐擁全臺0.94％土地管理使用權之臺灣大學，亦應體認上開疏失並本諸謙抑精神，妥予解決該校與原住民族間就本案山地農場土地歸屬之爭議。另外，鑑於本案臺大山地農場多位屬保安林及水庫集水區範圍，將來如順利由臺灣大學釋出部分土地並劃歸為原住民保留地，則應請原民會協同農委會及地方機關等各權責機關積極監控及輔導，當地原住民族亦應依法妥善使用土地，力求原住民族土地權益保障與國土保安之兼顧與均衡，以消弭外界之疑慮，並藉此樹立原住民族土地權利回復之典範。