由於農地違章工廠，行政院於106年10月核定「保護農地-拆除農地上新增違規工廠行動方案」，優先拆除105年5月20日以後農地上新增之違規工廠，執行期間為106年9月至107年8月。該行動方案全國列管17家農地違章工廠，惟屆期尚有彰化縣、雲林縣各1家違章工廠未拆除之原因為何，究提出行動方案後，中央與地方落實執法之情形如何，監察院財政及經濟委員會於3日通過監察委員田秋堇提出之調查報告並要求彰化縣政府、雲林縣政府確實檢討見復，並函請行政院農業委員會、內政部、經濟部確實督導所屬檢討改進，落實農地農用，以維護國人糧食安全。
田秋堇委員指出：
（一）無環安即無農安，無農安即無食安。農地違章工廠問題不可避免對食安造成衝擊。彰化縣素有「臺灣穀倉」之稱，106年農業產值高達282億元，占全臺9.72%；稻米總產量約32.9萬公噸，占全臺18.73%，為確保糧食品質及安全，有關「保護農地-拆除農地地上新增違規工廠行動方案」第1波拆除名單中之彰化縣線西鄉重振段農地新增違章建築2,648平方公尺一案，彰化縣政府未依「保護農地-拆除農地地上新增違規工廠行動方案」時程內執行農地違建拆除，顯有疏失。另民間團體檢舉多筆農地違章工廠，該府理應依法查處，落實追蹤查核並資訊公開，以落實農地農用之用地保護與管理目的。
（二）農地污染問題勢必影響食安；雲林縣以農業立縣，106年農業產值高達411億元，占全臺14.16%；稻米總產量約33.4萬公噸，占全臺19.05%，為確保糧食品質及安全，有關「保護農地-拆除農地地上新增違規工廠行動方案」第1波拆除名單中之雲林縣西螺鎮埔心段（特定農業區農牧用地）未經許可擅自增建「農舍」221平方公尺一案，雲林縣政府於106年7月6日查報屬施工中違建，惟竟未勒令停工或裁罰，僅要求恢復原狀亦未追蹤是否已恢復原狀，辦理過程反覆釋示，遲至107年10月31日方以違反區域計畫法裁罰新臺幣6萬元整，該府顯未依「保護農地-拆除農地地上新增違規工廠行動方案」及「雲林縣政府施工中違章建築即報即拆作業規定」辦理，未能落實執行農地管理，確保糧食安全及廢水排放控管之政策目的，辦理過程顯有瑕疵及疏失，亟待檢討改進。
（三）工廠管理輔導法自90年3月14日制定公布以來，該法對於農地新增違規工廠無規範即報即拆方式處理，並任由既有違規工廠自行選擇是否接受政府的輔導，肇致舊違規工廠問題尚未解決，農地新增違規工廠卻不斷持續蔓延。行政院基於保護農地、確保糧食安全，為中止違規工廠持續設立於農業用地而核定之「保護農地-拆除農地地上新增違規工廠行動方案」，是政府對於農地新增違規工廠的新嘗試，也是最基本的止血動作。
（四）相較於以往部分縣市政府礙於經費或遭致壓力，拆除情形不甚理想，本行動方案首波預定拆除對象共17件，於期程內計拆除16件，拆除達成率94%，跨機關合作仍予肯定。惟，該行動方案對於農地違章建築物之認定程序加入需目的事業主管機關確認是否為「工廠」方列管其違章建築物，新違建若尚未使用，難以認定確是否為工廠用途，易延宕查報時程。工廠管理輔導法已於108年6月27日修法，各縣市政府並依該法28-2條規定訂定執行方案推動之。惟，行政院農業委員會、內政部及經濟部仍應全面檢討行動方案執行效率與地方政府執行面之問題，此外，以該行動方案列管之雲林縣政府辦理情形為例，由106年11月21日要求農地恢復原狀到107年10月31日裁罰6萬元延宕將近1年。又以彰化縣政府為例，由106年9月22日裁罰8萬元到107年12月23日拆除也長達1年以上，實難見遏止效果，顯見地方政府執行效率與法規落實至為關鍵，理應強化查報程序及遏止農地新違建，並落實區域計畫法、建築法等規定，同時也應持續與人民溝通，使人民瞭解政府遏止新違規工廠的決心，以達成維護國人糧食安全之農地農用政策。
田秋堇委員強調指出：
無環安即無農安，無農安即無食安，工廠管理輔導法6月27日修正通過後，重要關鍵之一，是中央與地方政府如何聯手遏止新農地違建工廠，由行動方案發現之問題檢討改進，落實施工中或新違建工廠之查報與拆除，使人民瞭解政府遏止新違規工廠的決心，否則新違建工廠將持續蔓延，鯨吞蠶食傷害農地，嚴重衝擊食品安全。