馬偕醫院董座爭議及長庚子宮鏡案，新光、礦工、振興等醫療財團法人也傳出相關爭議案件。醫改會於107年6月號召20多個代表基層醫護工會、病友團體及藥師等多個全聯會到監察院陳情，經監察委員田秋堇、趙永清主動調查後，監察院內政及少數民族委員會議於本月16日通過對於衛福部對財團法人醫院督導管理不力之糾正案。
監委田秋堇表示，監察院非常關注享有免稅優惠之醫療財團法人，對於醫療公益事項執行不彰之問題，因此監察院早在98年就啟動過調查案，發現在96年度當時有21%的醫療財團法人沒有依法提撥足額之社福金，但這次調查竟發現惡化至高達41%的醫療財團法人沒有依法提撥足額之社福金，因此提案糾正衛福部。
監察委員強調，政府為鼓勵醫療財團法人，除捐贈成立之初即獲得免稅待遇，在後續營運時亦享有稅賦減免優惠，包括：銷售貨物及勞務以外的所得免稅、綜合所得稅、地價稅、房屋稅等。因此，享有國家賦予稅賦優惠之財團法人醫院，應該依照醫療法第四十六條規定，分別提撥醫療收入結餘的10%做為「社福金」及「教研金」承擔醫療公益責任，但衛福部卻疏於醫療財團法人管理之法定職責，實難辭執法不力之咎。
監委田秋堇也說，認真投入醫療公益之醫療財團法人，形同台灣社會重要資產與社會安全網。衛福部應依據醫療法第46條規定予以獎勵表揚，但該法通過至今超過30年，衛福部竟從未表揚諸多長期奉獻、認真投入公益的醫院，致使該條文形同具文，令人殊為不解。
我國對醫療財團法人規定以比美國寬鬆許多，相較於美國2010年3月頒布施行「病人保護與平價醫療法案」(ACA)中明確規範，醫院想取得稅賦優惠的醫院必須做到「社區公益」和「慈善醫療」的明確公益責任規範，相關資訊也必須公布細項、完全公開透明，而且事後依據醫療公益相關報表，才能進行稅賦減免。反觀台灣未能跟上國際針對免稅醫院或公益醫院之治理規範，醫療社福金或公益服務的認定尚未建立一套明確標準，存在許多灰色地帶難以稽核，醫院即可享有免稅優惠，實有立即改進之必要。
這次調查也發現，衛福部對於醫療財團法人治理諸多缺失，例如未繳交財報等違法情事，竟有延宕6到11年後才予以處分之數起案例。此外，某些醫療財團法人之盈餘及規模不亞於上市櫃公司，且又享稅負優惠，理應課予更高之財務監督標準之管理原則，但衛福部卻僅要求醫院提供比上市櫃公司還過時簡陋之財報規定，多年來對於醫療財團法人財報缺失事項，未能本於醫療法賦予職權，研議透過修訂醫院評鑑、財報編製準則與相關函釋規定等行政作為進行改革，在財報資訊查核困難下，致使屬於全民社會資產之「社福金」編列金額極可能因此被低估，衛福部顯然失職。
田秋堇、趙永清委員也十分關心財團法人醫院將社福金拿來支應醫院接駁車費用之爭議。調查發現部分財團法人醫院將應使用於弱勢醫療公益的社福金，支應醫院接駁車費用，且不分搭載對象是否為弱勢貧困或行動不便，也不管行駛路線是否為偏遠地區，甚至跨縣市載客前往醫院就醫，對於必須繳稅之小型私立醫院、診所形同不公平競爭，而影響分級醫療推動。
監委強調，並非反對或要求全面取消這些接駁車服務，而是呼籲不應拿依法編列要幫助弱勢或慈善用途的社福金來支應。如此，社福金真正用在刀口，讓財團法人醫院經營真正回歸醫療公益本質。
最後，兩位監委語重心長指出：財團法人醫院雖然僅占全國醫院不到15%，但全國26家醫學中心當中有14家是財團法人醫院，病床數占全國醫院總床數31.7%，獲取的健保給付更高達健保醫院總額費用的40.8%，對整體醫療生態與健保資源配置的影響力可謂舉足輕重，衛福部不應僅消極等待立法院通過醫療法修正案，更應積極本於職權透過醫院評鑑、修改財報編製準則等積極作為，有效督導醫療財團法人之治理，以維護國人就醫之權益。