監察院彈劾審查會本（104）年8月4日上午審查並通過監察委員仉桂美與包宗和所提之臺南市長賴清德彈劾案。
提案委員表示，本案係內政及少數民族委員會推派調查「臺南市議會函報：該市市長、副市長、秘書長、一級單位主管、一級機關首長及相關局處科長以上主管人員，未向該市議會請假且未列席臨時會與定期會進行說明、專案報告及備詢，涉及違反地方制度法等情」乙案。經監察院調查發現，被彈劾人賴清德於103年12月5日當選臺南市長，任期自103年12月25日至107年12月24日止，依地方制度法第55條規定綜理市政，具有法定職務權限，為依據法令從事公務之人員。因於臺南市議會第2屆第1次與第2次臨時會及第2屆第1次定期大會之開會期間，經合法邀請拒不列席議會，迄今已逾半年之久。監察院認為被彈劾人有下列重大違失情事：
一、 首開地方自治史上「官員集體不進議會」之惡例
被彈劾人104年1月6日就臺南市議會議長李全教賄選案對外聲稱，除非李全教的賄選案司法已經釐清，否則不會進市議會，而且只要李全教主持議會，市府官員都不會參加，一切毀譽由他承擔云云；復於104年6月16日臺南市議會定期會開議時對外改稱，如果李全教願意為自己的所做所為真心誠懇的向社會大眾道歉，而且不再干預司法審判，讓司法正常進行，「我願意慎重考慮，委屈求全，進入議會進行報告及備詢」，導致所屬曲為附合相繼違法，以行政權破棄臺南市立法權，首開地方自治史上「官員集體不進議會」之惡例。
二、 被彈劾人違反地方制度法第48條與第49條規定
釋字第498號解釋理由書稱：「地方立法機關開會時，其行政機關首長應提出施政報告，民意代表並有向該機關首長或單位主管行使質詢之權；就特定事項有明瞭必要時，則得邀請其首長或單位主管列席說明。」定期會部分於地方制度法第48條第1項明文規定，直轄市長應於開會時提出「施政報告」，同條第2項則相對應規定，直轄市議員於議會定期會開會時，有向直轄市長提出質詢之權，此即為「施政總質詢」，而直轄市長對此有接受質詢的義務；而臨時會部分於地方制度法第49條規定直轄市長於開會時就「特定事項」對議會有「列席說明」義務，上開條文規定體例與憲法增修條文第3條第2項第1款「行政院有向立法院提出施政方針及施政報告之責」。立法委員在開會時，有向行政院院長及行政院各部會首長質詢之權之規定相同，均係貫徹行政權向立法權負責意旨，直轄市長於議會開會時就其施政報告接受議員質詢或對於特定事項說明，質詢與說明當指應面對面（face to face)之一問一答方式。從而不論市議會於定期會或臨時會開會時，直轄市長均有列席義務，用以接受議會之「質詢並說明」，被彈劾人有違地方制度法第48條與第49條規定甚明。
三、 被彈劾人破壞民主與法治原則侵害憲政體制
權力分立與制衡乃現代民主社會核心價值，分權目的在於避免獨裁者產生。法國人權宣言（法國國民議會，1789年8月26日）即揭櫫，凡權利無保障和「分權未確立的社會」就會無視、遺忘或蔑視人權，產生公眾不幸和政府腐敗。行政權必須對立法權負責，而司法權則獨立監督各執法機構，避免濫權，監察院彈劾權設計即兼具司法權之性質，並不因地方行政首長是否民選而有差異。依地方制度法第33條第1項、地方立法機關組織準則第20條至第27條與臺南市議會議事規則，臺南市議會為合議制機關，議長職權為依法召集與主持會議。所謂行政權對立法權負責，並非指被彈劾人對李全教個人負責，而係被彈劾人身為臺南市長具有行政官署地位，必須對臺南市議會負責，而臺南市議會是基於住民主權原則，由臺南市民選出議員，代替臺南市民行使地方制度法第35條、第40條與第41條等各項依據法律賦予之職權。地方自治團體首長不列席臨時會與定期會之行止，顯逾越憲法與地方制度法規範地方自治團體首長行政權之基本界限，並將地方立法權架空，動搖民主社會基本核心價值。
四、 被彈劾人不得以李全教判刑與否作為藉口
聯合國公民與政治權利國際公約第14條第2項與刑事訴訟法第154條第1項規定，被告未經審判證明有罪確定前，推定其為無罪。李全教有罪與否均待法院審判確定，被彈劾人不得以李全教是臺灣地方自治史上唯一因議員及議長賄選被雙重起訴，臺南是臺灣民主聖地，此一榮耀完全被李全教所玷污為由，作為不進議會列席之辯解。再按地方制度法第79條規定，直轄市議員應經法院判決當選無效確定，或經法院判決選舉無效確定，致影響其當選資格或犯內亂、外患或貪污罪，經判刑確定等始得解職，故在現行地方制度法上李全教依法猶為臺南市議會議長，被彈劾人身為臺南市長具有行政官署地位，必須對臺南市議會負責， 並非對李全教負責，自不得單以議長李全教涉案尚擔任議長之位為由，作為違反地方制度法之藉口，進而破棄臺南市之立法權，戕害民主法治，被彈劾人所辯，無理由。
五、 被彈劾人不進議會違反對憲法忠誠義務
地方制度法第84條規定，直轄市長適用公務員服務法，其行為有違法、廢弛職務或其他失職情事者，準用政務人員之懲戒規定。公務員服務法第1條、宣誓條例第2條第7項、第6條第2項即將公務員對憲法忠誠義務，轉化為純粹法律義務，因公務員對於國家與憲法具有「特別政治忠誠義務」，而與一般國民有所不同，所以公務員不論其是否為民選首長或政務官或事務官，均必須尊重與全力維護此現行憲政秩序，不得有敵視憲法或對憲法有不友善之行為，若公務員贊成或執行反對現行法律及國家秩序活動時，即屬違反公務員忠誠義務，有悖公務員服務法第1條之規定，被彈劾人破壞民主與法治國原則，侵害憲政體制等情節，所表現即是公務員敵視憲法的行止。
綜上，被彈劾人於臺南市議會第2屆第1次與第2次臨時會及第2屆第1次定期大會之開會期間，經合法邀請拒不列席議會，並導致所屬曲為附合相繼違法，首開地方自治史上「官員集體不進議會」之惡例，迄今已逾半年之久，業違反地方制度法第48條與第49條規定，背離宣誓條例第2條第7項、第6條第2項之規定，嚴重斲傷現代民主法治國基本原則，逾越憲法與地方制度法規範地方自治團體首長行政權之基本界限，架空地方立法權，動搖民主社會基本核心價值，悖離公務員對憲法忠誠義務，核有公務員服務法第1條之適用，違失事證明確，情節重大，爰依憲法第97條第2項、監察法第6條提案彈劾，並移請司法院公務員懲戒委員會審議。
另監察院調查過程本於公平、公正與公開之精神，並未偏頗臺南市府會雙方，然臺南市長與秘書長並未尊重現行憲政體制，於監察院調查過程中任意指摘並質疑監察院立場，以不實論述攻訐監察院，有欠忠實，核有未洽之處；另臺南市議會議員雖非監察院監督對象，惟該會議長李全教不循正途，信口欲鼓動民粹影響監察院調查期程與結果，令人遺憾，上開兩者所為均係輕衊憲政體制，踐踏國家最高監察機關，欠缺民主法治之精神，不得不予以指明，以正視聽。