監察院為行使監察權，依據憲法第95條規定，得向行政院及其各部會，調閱其所發布之命令及各種有關文件。監察法第26條並規定，監察院為行使監察職權，得由監察委員持監察證或派員持調查證，赴各機關部隊公私團體，調查檔案冊籍及其他有關文件，各該機關部隊或團體主管人員及其他關係人員不得拒絕。監察院對公務人員提出彈劾案、糾舉案，或對行政機關提出糾正案，均係以公務人員或行政機關之工作及設施有違法失職情事為前提。而認定公務人員及行政措施是否確有違法失職情事，皆須以具體且明確之事證為依據。故調查案件，發現違法失職之事實真相，實為監察院提出彈劾案、糾舉案及糾正案之基礎。
監察院調查案件之方式，可分為「委託調查」、「派查」及「委員自動調查」3種。委託調查係就人民書狀或調查案件之一部委託相關機關調查；派查係由院會或各該委員會決議推派，或依籤定席次輪派監察委員調查；委員自動調查則係監察委員依據人民書狀或其他文件資料申請自動調查。無論派查或委員自動調查，均選派協查人員協助之。