有關監察院於106年7月4日通過彈劾中央研究院前院長翁啟惠案，其事由如下：「中央研究院前院長翁啟惠，於任職期間，委由與中央研究院有合作及專屬授權關係之民營公司董事長先行代墊款項或代為對外借款，購買股票投資謀利，以圖本身之利益。並應允同意收受該公司150萬股技術股。進而不當協助圖利其相關公司派員至中央研究院無償學習技術及取得中央研究院之醣分子研究成果；又督導訂定中央研究院科技移轉利益衝突迴避處理原則，卻明知並帶頭違反上開規定；另對外發表攸關該民營公司及本身重大利益之評論，且為掩飾其與該公司並無利益關係，又對外公開謊稱其未購買該公司之股票，言行嚴重失當，違背誠信，嚴重損害政府之信譽」，並依公務員懲戒法移送公務員懲戒委員會審理。
本案經本院提起彈劾案後，即依公務員懲戒法移由公務員懲戒委員會審理，監察院提出彈劾案後，對公務員的懲戒是由公務員懲戒委員會決定，本案公懲會對翁啟惠判決申誡，當事人不服提出再審，經公懲會駁回，並非無救濟管道。
有關翁啟惠刑事責任部分，107年12月28日雖經臺灣士林地方法院106年度矚重訴字第1號判決：翁啟惠無罪。惟翁啟惠雖刑事獲判無罪，並非表示其無行政責任。監察院追究翁啟惠行政責任部分，經本院彈劾並移送公務員懲戒委員會審理後，公懲會於108年4月3日以106年度澄字第3498號判決：翁啟惠申誡，其主要理由略以：
一、未依法據實申報財產：浩鼎公司股票529張為翁啟惠以他人名義所持有，此為翁啟惠於被訴貪污案件在調查局台北市調查處詢問時所陳明，且經浩鼎公司董事長於翁啟惠被訴貪污案件偵審中供述明確。有臺灣士林地方法院刑事確定判決可稽。足見翁啟惠明知上開股票屬其所有，應無疑義。自應依法據實申報。
二、違反「中研院科技移轉利益衝突迴避處理原則」規定：依中研院科技移轉利益衝突迴避處理原則規定，翁啟惠為該專屬授權案之創作人，有直接或間接使本人或其關係人獲取利益之可能，即應依上開相關規定揭露可能發生利益衝突之情事，卻未予揭露。
監察院109年4月17日之調查報告，係對檢察系統辦理重大貪汙案件時，應以更謹慎態度，遵循證據嚴謹及偵查不公開原則，俾落實保障民眾權益。