107年公糧收購量高達53萬公噸，耗資近130億元，導致公糧倉庫爆倉，市售包裝米更傳出標示混亂及混米情形，引起監察院尹祚芊委員、楊美鈴委員重視並立案調查，監院也於109年4月8日財政及經濟委員會通過調查報告，就相關缺失糾正農委會並促請其加以檢討改善。
兩位委員首先指出，國內稻作面積約占總耕地面積1/5，惟農民從事稻作栽培者卻超過1/3，農委會10餘年來投入超過1700億公帑，仍未能健全稻作產業體質及產銷平衡，其中108年度相關經費已占農發基金支出達86％，嚴重影響業務發展及平衡性，並衍生公糧儲備達到安全存量三倍（96.8萬公噸）、每年倉管費用幾達三億等問題，稻農和農委會可以說是「窮到只剩下保價收購」，顯有嚴重違失；此外，農委會每年收購金額動輒百億以上，其收購數量及價格竟缺乏適當法律授權，僅依據作業要點，且遇選舉年收購價量之調整更存有非專業之政治考量，該會實有檢討之必要。調查委員進一步指出，農委會「對地綠色環境給付計畫」期待推動雙軌制（直接給付/繳交公糧）來改變農民重量不重質的栽培習慣，結果無論從繳公糧的比率或數量來看都是不降反升，與政策方向背道而馳，以致於公糧收購負擔更加惡化、農民更加依賴公糧收購，而在增產考量之下更有過量施肥傷害環境的疑慮，兩位委員認為農委會實有違失，因此提案糾正。
經監察委員調查更發現，部分市售包裝米米袋上存有商品名稱影射著名區域或產地，產地標示卻為「台灣」等等標示混亂或遊走於法規邊緣之情形，農委會實應謀求對策，使商品名稱與產地標示確符糧食管理法，而對於農政單位放任部分糧商因成本或作業考量而將不同縣市或等級之米混合調製而「低空飛過」CNS標準之作法，調查委員與消基會均不表認同。
在超產稻米去化方面，尹祚芊委員、楊美鈴委員強調，在外銷面向，農委會雖對外聲稱將透過外銷去化過剩稻米，但調查發現農委會並沒有針對國際市場需求，而調整內需導向的栽培模式，因食用蓬萊米國家有限，而我國稻作品種白粉質粒偏高，成本亦高於國際2~3倍等等問題，農委會欲以外銷紓解超產壓力的效果不彰。
而在內需市場，國人每年白米消費量已從87年之56.7公斤降至107年之45.6公斤，降幅幾達20％，更有研究報告指出國人外食比率過半，顯然影響白米消費量至鉅，即使農委會推動「臺灣米標章」，但截至109年2月為止僅有81家業者參與，多數民眾更對於外食業者用米的產地及等級根本不在乎或是無從得知，農委會實應積極針對外食市場予以強化；調查委員也發現，除了「米粉不是米做的」過去曾提出糾正而改為炊粉，部分碗粿、菜頭粿、米苔目、麻糬、粿粽等等米製品更可能完全不含米，而由修飾澱粉調製而成，對於糖尿病患者及民眾營養攝取影響極大，農委會應加強推廣並自原料成本角度引導業者，為國產稻米廣闢內需市場。
調查委員最後表示，本案實地赴公糧倉庫履勘時，發現部分倉庫管理不佳，包括蛛網密結到不見樑柱、麻雀紛飛、與農藥同倉及104年陳米尚未去化，令人難以想像，不過農糧署另將學午糧（供應營養午餐）低溫儲存，環境尚稱乾淨整潔，比較令人放心，然而公糧倉庫倘不現代化，除了稻穀商品價值快速降低以外，更將面臨進出倉勞動力匱乏問題，還是有待農委會積極爭取。