「臺北市選舉委員會(北選會)辦理投開票、監票之程序有無瑕疵？有無違反正當法律程序？相關權責機關有無違失？」案，監察院內政及少數民族委員會於108年11月19日通過監察委員仉桂美、劉德勳提出之調查報告及對北選會、中選會之糾正案。
壹、糾正臺北市選舉委員會事由主要有三大點：
一、 臺北市有待確認補正的票所竟多達354個，其中登錄中選會計票系統耗時逾2小時以上即多達256個，耗時最長者7小時22分(18:20開票完-1:42登錄完)，與最快僅耗時11分，相差竟高達40倍，北選會部分區選務中心顯違「107年度地方公職人員選舉電腦計票作業標準作業程序」：
(一) 依中選會訂頒的投開票所工作人員手冊，各票所於選舉開票後先送回區選務中心的投開票報告表(速報表)經核對無誤後應即登錄中選會計票系統，惟臺北市1,563個票所的速報表有疑問須待主任管理員(主管員)及主任監察員(主監員)確認補正後才能登錄(待確認)者竟多達354個，殊難想像。依規定「候選人得票數及無效票數，依記票管理員與整票計票管理員相互『核對』正確無誤」及「主管員應即會同主監員核計開票結果，『核計』確定，即填寫選舉投開票報告表一式3份」，既有「雙重稽核」機制，且只是單純將每位候選人經由公開唱票並記錄於「記票紙」上的得票數及無效票數「謄錄」於投開票報告表，並無複雜之數學計算，惟錯誤率竟高達22.6%。
(二) 依中選會訂頒的電腦計票作業SOP，區選務中心接收各票所專人送達的速報表後應初核及登錄，並將登錄結果告知送達專員，因此如發現速報表有疑問(0未填、漏蓋章、數字加總有誤等)，應即請在現場等待的送達專員送回票所由主管主監即時處理後再送回登錄，而非等到關閉票所並護送選票回區選務中心時始確認。臺北市於投票當日22時以後始登錄完成者達367個，其中須待確認票所計260個(佔70.8%)，當中有256個登錄耗時逾2小時以上(佔98.5%)，例如登錄耗時最長為7小時22分(文山區第1441號票所)，18:20開票完，1:42登錄完，而最快者僅耗時11分(大同區第966號票所)，相差竟高達40倍；又登錄時間最晚者為翌日2:35(大安區第1319號票所)，19:30開票完，登錄耗時7小時5分。
(三) 臺北市各區幅員並不大，從票所到區公所車程理應不需1小時，再加上區選務中心初核及登錄作業時程，充其量2小時應已足夠，縱使如北選會及幾位區長所稱主管員主監員於關閉票所返回區公所確認時會有排隊的情形，經確認並登錄耗時4小時已屬難以理解，甚至令人連想背後是否有人為因素，惟此種「開早登晚」型票所竟多達百餘個，北選會部分區選務中心對於此類票所的處理程序，顯違電腦計票作業SOP，核有違失。
二、 北選會部分區選務中心對於正常票所，無正當理由卻登錄耗時逾2小時以上者計93個，其中士林區達60個，登錄耗時最長為5小時59分，最短為7分，相差竟多達51倍，顯違反工作人員手冊「區選務中心核對速報表無誤後應即輸入電腦」之規定：
(一) 臺北市無待確認情形的正常票所登錄耗時逾2小時以上者計93個，其中士林區達60個，其次大安區有13個，其餘信義區、文山區、中正區、大同區、松山區、北投區合計20個。耗時最長5小時59分(19:00開票完-0:59登錄完)為士林區第263號票所，登錄時間在23:00以後之票所計有40個(最晚者為1:06，北投區第69號)。
(二) 經統計正常票所登錄耗時未逾2小時者計有1,116個，其中最快者僅7分鐘(北投區第67號、松山區第635號、信義區第661號票所)，顯然多數票所於確認速報表無誤後多能盡快登錄中選會電腦計票系統，並無障礙事由，既然各區選務中心統一適用中選會訂頒的工作人員手冊及電腦計票作業SOP，照理處理時程不應相差過久。惟最快與最慢相差竟達51倍，而其中士林區逾4小時以上者多達11個。而北選會對於有待確認情形票所的處理方式，於此並無法合理解釋，因速報表並無錯誤，根本無須再找主管員主監員確認，區選務中心登錄員未於第一時間即登錄中選會電腦計票系統，究竟在等待什麼？
三、 臺北地院判決已認定北選會辦理選舉過程發生重大選務瑕疵：
(一) 經函請臺北地院就驗票過程中發現之瑕疵進一步說明，惟經該院108年11月5日函復表示，各投開票所開票、監票之程序有無瑕疵，並不在該案件勘驗選票後重新計票範圍內，因此選務疏失以臺北地院判決所載為準。經查臺北地院107年度選字第7號民事判決中已證實部分票所確有「票袋破損、未彌封、彌封處未蓋騎縫章或有開拆痕跡」(第79頁)、「選舉人名冊以蓋指印領票但無證明人印章或僅有1個證明人印章」(第80-84頁)、「選舉人名冊核章數與投開票所報告表所載領票數不一致」(第91-94頁)、「用餘票票數不符」(第94-95頁)等重大選務瑕疵。
(二) 依選罷法第18條第2項及防範選舉人重複投票或冒領選舉票辦法第6條規定，按指印領票者應有管理員及監察員各1人蓋章證明。依選罷法第57條第6項規定，開票完畢後，主管員主監員應將選舉票按用餘票、有效票、無效票及選舉人名冊分別包封，並於封口處簽名或蓋章。工作人員手冊規定主管員及主監員督導領票處管理員，點算選舉人名冊上的領票人數與未領票人數，並點數、包封用餘票數，於用餘票袋記上張數，填寫投開票報告表的「發出票數」、「用餘票數」。該作為義務為法規及手冊明定，且工作人員經過教育訓練亦有所悉，北選會所轄部分票所工作人員顯然違反上開規定，核有違失。
貳、根據前揭選務違失，以及下列調查所得事證，針對臺北市選舉委員會部分選務中心人員疑涉刑責部分，移請臺北地檢署偵辦：
一、 當時有全程直播開票過程的媒體，在投票當晚22:40~23:15時段皆呈現丁守中得票數略高於柯文哲數百票之情形，其餘時段票數互有領先或有微幅差距，另依北院判決附圖2「以北選會修正附圖1之開始開票時間共1563個投開票所所做之得票率趨勢圖(重新計票後)」觀之，2人得票率呈現之折線圖亦為互有領先。惟中選會選舉資料庫網站公布之「107年直轄市長選舉各投票所明細」及「各投票所完成登錄時間」結合觀之，丁守中除於當晚17:41:46~17:42:00曾短暫贏數十票外，其餘時段皆輸柯文哲，2人得票數折線圖曲線與媒體呈現者顯有差異。為釐清開票現場公開唱票票數與中選會網站公告的票數是否一致，請北選會提供各票所的投開票報告表遭拒絕，請中選會提供計票系統依進票順序登載的票所編號及各候選人得票數，該會表示現僅存最後計票結果，無法提供歷程紀錄。
二、 部分區選務中心在登錄「開早登晚」型票所時為何拖延至深夜，唯一合理推論就是待各票所將選舉人名冊、投開票報告表及實體選票送回後，由內部人員在選舉人名冊上未投票者處以蓋指印方式領取相對人數的用餘票，再圈選特定候選人後將票放入有效票袋，或將他人得票改成無效票，最後再修改報告表上數字，讓法院驗票亦無從查知，致改變投票最終結果，有觸犯刑法第146條第1項「以詐術或其他非法之方法，使投票發生不正確之結果或變造投票之結果」的罪嫌。
三、 經本院詢問相關人員發現，本次選舉問題有可能出在區選務中心，關鍵證詞在於(1)詢問臺北市登錄耗時最長的文山區第1441號票所主管員主監員表示，只有叫我們去補漏填的里長數字，離開時應該是10點多，2人皆回答沒有聽說該票所的票數這麼晚(1:42)才登錄進去，真的都不知道有此狀況等語。(2)詢問士林區登錄耗時最長的第285號票所主管員表示，速報表沒有錯，在公所現場是有被要求要重新裝箱，廣播說沒有問題，差不多12點左右離開公所，至於為何會到2:09才將票數登錄真的不清楚等語。(3)詢問大安區登錄耗時最長也是臺北市最晚登錄(2:35)的第1319號票所主管員表示，將選票及報告表等送回區公所差不多12點，後來區公所又重新檢查核對一次，有把包封好的票又再拆開，檢查後才重新封起來叫我們再蓋章等語。
四、 本院原請北選會提供選舉人名冊，擬逐一洽詢以指印方式領取選票的選舉人是否確有到場投票，及將其上之指印送警政署刑事警察局鑑驗，如有2個以上相同者，即可追查指印所有人，惟北選會以法院及檢察官始有職權查閱而拒絕提供，致本院難以查明規劃者及參與執行者為何人。爰依法告發，移檢偵辦。
參、糾正中選會部分：
一、 2位監委並表示，糾正中選會係因其訂頒107年工作人員手冊逕將「……並應即向觀眾席民眾宣布，『投票完畢，經清點結果，領票人數○○人』」的文字刪除，造成現場民眾無法知悉多少人領票，自無從據以稽核用餘票數，更可能影響選舉結果正確性，難謂非重大事項，卻未依該會組織法經委員會議決議即變更規範，亦核有違失。
二、 此外，2位監委呼籲中選會通令各地方選委會責由各票所人員將現場完整記錄票數的「記票紙」拍照存證後傳至中選會及區選務中心，2020大選候選人亦應完整拍攝選區內各票所的記票紙，以保全證據。