有關上情，監察院於7日財政及經濟委員會、內政及少數民族委員會聯席會議通過調查報告，要求臺北市政府、農委會檢討改進。
監委林雅鋒表示，於106年5月間曾針對北農105年董事改選致生人事爭議問題，主管機關有無善盡監督職責等情立案進行調查，調查報告中指出北農在事物本質及法律規範均係「公用事業」之性質，然中央主管機關農委會、地方主管機關臺北市政府均將北農視為一般民營公司，未善盡監督責任，且所派任北農官股代表是否適當，能否配合執行主管機關政策，仍有疑義等缺失，經監察院107年1月11日教育及文化、內政及少數民族、財政及經濟委員會聯席會議通過，要求行政院、臺北市政府分別檢討改進。
嗣107年3月1、2日媒體大幅報導北農所轄臺北果菜批發市場春節休市5天（2月16至20日），開市3天後，又於2月24至26日休市3天，造成2月27日開市時蔬菜到貨爆量，價格崩跌，引致爭議，但市場於3月5至7日又將再休市3天，20天內休市11天遭質疑決策不當，政府管控失能等情。鑑於前開調查指出北農為「公用事業」，但農委會及臺北市政府一方面於北農各爭高位，遇事時卻又互推責任之現況，基於保障農民生計及維護消費者權益之立場，本院認為有深入瞭解北農之監督及運作機制的必要，爰再分案調查。
監委林雅鋒、蔡崇義調查發現，臺北市農產、漁產、禽肉批發市場休市日，是由臺北市市場處在每年年中邀集臺北農產、漁產、畜產公司、臺北市蔬菜、青果、魚類、家畜肉類公會、中華民國農會、台灣農業合作社聯合社、保證責任中華民國果菜合作社聯合社、臺北農產運銷發展協會、臺北市家禽批發市場業者代表會、臺北市公有市場攤商權益聯合促進會、中華民國青果商業同業公會全國聯合會、臺北農產承銷商協會等開會研商，以多數共識決方式決定次年的休市日。106年5月4日市場處函送臺北市批發市場107年休市日草案給相關單位及農委會，農委會並未表示任何意見；6月29日市場處通知相關單位於7月6日召開休市日會議，並請農委會列席，但農委會認為市場休市日的核定屬地方政府權責而未出席；在7月6日的休市日會議中，是由與會單位共同決議107年的休市日程，出現自春節起20天內休市11天的情形；7月17日臺北市政府產業發展局函送休市日會議紀錄及107年休市日程給相關單位及農委會，農委會亦未表示任何意見。
監委表示，臺北市政府持有北農22.76%之股權，並為北農之地方主管機關，對於臺北果菜批發市場107年自春節起20天內休市11天之休市決策，竟未警覺連休所可能引發之風險，未協調北農減少休市日數；又臺北市政府於春節休市5天後，2月21日開市時，即接獲初九天公生再連休3天（24至26日）菜價恐下跌之訊息，卻仍輕忽問題的嚴重性，未及時督促北農啟動穩定產銷相關因應措施，終使臺北果菜批發市場於春節期間11天內休市8天，加上氣溫回暖雙重因素下，造成27日蔬菜供貨量暴增、價格大跌，使農民遭受嚴重損失，臺北市政府實難卸怠失之責。
另農委會除主管全國農政事務，負責指示、監督地方政府執行，有維持蔬菜產銷平衡及合理價格之責外，並為北農之中央主管機關，且持股22.76%。然對於臺北市市場處召開之休市日會議所做成上開連續休市決策，卻未及早發現風險，並未督促臺北市政府與北農採取相關因應作為，導致農民遭受損失，農委會亦未盡監督職責。
至於北農雖稱於休市日會議中有表達反對2月24、25、26日及3月5、6、7日連休3天的意見，惟據會議紀錄內容顯示，除中華民國農會、台灣農業合作社聯合社、台灣省青果運銷合作社、保證責任中華民國果菜合作社聯合社考量夏秋季節連休3天可能影響產地蔬菜採收及儲存，建議9月24日不宜休市外，並無北農反對2月24至26日及3月5至7日連休3天之記載。
監委指出，對於北農連續休市引發之爭議，農委會及臺北市政府身為主管機關，不但未齊心解決紛擾，反而透過媒體相互指責，實非政府機關面對危機應有之作為，亦使人民對政府喪失信心，處理方式至屬失當。另北農為總經理制，總經理在執行業務範圍內，對外代表公司，本即有責任主動對外界說明北農因應連續休市的措施，以安定農民恐慌心理，但自2月27日北農連續休市引發軒然大波至3月7日期間，北農始終未出面說明。雖北農董事長陳景峻及臺北市市場處要求總經理吳音寧出席3月7日之休市因應措施說明記者會，但其竟拒不出席，顯然由地方主管機關臺北市政府指派之董事長與其所屬之市場處，均無法指揮由中央主管機關農委會指派之總經理，凸顯北農之官股代表各行其是，致政府體制失靈。
監委說，北農轄管之臺北果菜批發市場所決定的價格具有指標性，一旦產銷失衡致價格劇烈波動，將牽動其他縣市之批發市場交易價格。北農連續休市造成菜價波動引議，除休市決策不當外，天氣溫暖導致蔬菜產量暴增，亦為原因之一。鑑於蔬果之特性與漁產、畜產有相當差異，且近年來極端天氣事件發生更趨頻繁，農委會及臺北市政府應督促北農訂定具機動調整彈性之休市機制，避免類此事件再發生。
再者，北農性質上為公用事業，農委會及臺北市政府合併持有北農45.52%股權，且具有監督責任，北農非得以一般民營公司視之。依北農會計制度所列會計項目，凡推廣蔬菜水果、農特產品贈送樣品等得報支業務推廣費；接待各界有關人士、產地農民及有關業務應酬餽贈等得報支公共關係費。然北農的業務推廣費及公共關係費報支作業，對於採購流程及餽贈對象、數量、額度、使用範圍、限制等，均欠缺明確規範。過去業務推廣費的支用明細多有記載「贈貴賓禮盒」等，其中106年11月30日11萬8,800元花費，經會計師抽核發現係購買威士忌贈送貴賓，非屬農特產品，難以判定與業務推廣有關；另107年3月31日以公共關係費9萬6,970元補助溪州鄉購買春酒摸彩禮品，亦難認與公司業務有關，支用顯流於浮濫。此外，在公共關係費部分，105、106年有報支前主管或其親屬的仙逝慰問金10萬元，甚有高達30萬元者，似與常情不合；而106年報支農委會、農糧署、臺北市議會、立法院及臺北市政府等中秋節、年終送禮經費，竟高達184萬1,310元之鉅，逾該年度實支數之3成，其中甚有追加107及108年之中秋節送禮經費，均有消化預算之嫌，核與北農係公用事業之本旨未合，亟待改進。
又北農在107年2月27日以業務推廣費1萬9千餘元購買9.12公噸蔬菜殘貨贈送社福團體，並不符合北農對蔬菜殘貨的處理機制，且未取得受贈團體出具之捐贈收據，造成事後無法勾稽核對受贈數量，有流向不明之虞，辦理過程失當。
此外，有關臺北市政府政風處至北農查帳的適法性一節，經廉政署查復市府對北農具有稽查及監督權責，而市府政風處係秉承市長之命，配合協助執行市府對北農之依法監督事項，符合政風機構人員設置管理條例及其施行細則相關規範，並不違法。