依原住民保留地開發管理辦法規定：原住民因興辦宗教建築設施，得無償使用原住民保留地內依法得為建築使用之土地，使用期間不得超過9年，期滿後得續約使用，其使用面積不得超過0.3公頃。基此，原住民因興辦宗教建築設施，得承租原住民保留地使用，其使用面積不得超過0.3公頃，超出部分應課收租金；宗教團體之負責人為非原住民者，不可無償使用原住民保留地，應依使用面積全數課收租金。
監察院於103 年7月間調查並糾正原住民族委員會（下稱原民會），長期疏於掌控地方政府辦理原住民保留地租（使）用執行業務，致發生提供租（使）用原住民保留地，非屬得為建築使用土地及租約期限逾期等情事。經調查原住民保留地供宗教團體租（使）用情形，發現有宗教團體負責人身分為非屬原住民、使用面積逾0.3公頃、地方政府應收租金卻未收取租金，或收取租金金額不明、使用之原住民保留地非屬依法可建築用地及逾租(使)用期限等情之案件，共計有80案。嗣經監察院多年持續追蹤，行政院函復清查結果，迄107年3月間，已陸續完成64案之清查，並促請確實依規定使用，其餘16案亦辦理清查中。另為落實原住民保留地之使用管理作為，監察院已督促原民會持續辦理原住民保留地租金收益處理要點及租賃契約等法規研修作業。