一、本次臺北市長選舉各投開票所對於選舉票開票結果登錄中選會計票系統耗時甚久，與北選會宣稱因併辦公投所致根本無關
依投開票所工作人員手冊明定的開票程序是先開選舉票(市長及議員票開完再開里長票)，次開公投票，選舉票開票完畢即依投開票報告表宣布開票結果，接著才進行公投票開票。故107年三合一選舉併辦公投影響主要是投票者大排長龍致投票完成時間較晚，並不影響選舉票的開票作業。
經本院調查發現，臺北市大部分票所完成開票時間並不晚，而是將票數登錄至中選會計票系統時產生延宕，於投票當日22時以後始登錄完成的票所多達367個。其中260個待確認補正票所部分，有257個登錄耗時在2小時以上，超過4小時者亦多達114個，耗時最長者竟長達7小時22分，何以需要如此長的作業時間？
二、部分區選務中心如落實選舉電腦計票作業SOP，發現速報表有問題立即請送達專員送回票所處理，就不致產生北選會所稱區選務中心陸續收受選舉投開票報告表及公投投開票報告表爆量塞車的情形，北選會迄今仍以公投做為延宕的藉口
依中選會訂頒的選舉電腦計票作業SOP，區選務中心接收各票所專人送達的選舉投開票報告表(速報表)後應初核及登錄，如發現速報表有疑問(0未填、漏蓋章、數字加總有誤等)，應即請在現場等待的送達專員送回票所由主管員及主監員即時處理後再送回登錄，而非等到關閉票所返回區選務中心時始確認。而本院調查時，北選會表示因主管員及主監員在開票所忙於開公投票，於完成公投票開票作業後，才能返回區選務中心確認補正速報表。北選會昨(20)日聲明僅泛稱，主因係區選務中心於短時間內收受各投開票所陸續送回的「選舉投開票報告表」及「公投投開票報告表」，檢核及登錄作業瞬間累積增加等語，惟並未提出具體佐證資料詳實說明區選務中心於何時段湧現大批人潮情形。因此部分區選務中心如落實選舉電腦計票作業SOP，就不會產生區選務中心陸續收受選舉投開票報告表及公投投開票報告表爆量塞車的情形。
三、臺北市的正常票所登錄耗時最長5小時59分，與最快(7分)相差竟達51倍，北選會迄今仍未合理解釋正常票所何以遲延登錄
本院調查發現，臺北市1,209個無待確認情形的票所中，計有93個從開票完成至登錄完成需時2小時以上者，其中有60個位於士林區，最長耗時5小時59分始登錄完成。此等正常票所為何未依工作人員手冊規定如無錯誤立即登錄中選會計票系統，北選會迄今仍無法提出合理的說明。北選會對於有待確認情形票所的處理方式，於正常票所並無法合理解釋，因速報表並無錯誤，根本無須再找主管員主監員確認更正或蓋章，區選務中心登錄員未於第一時間即登錄中選會電腦計票系統，究竟在等待什麼？
四、部分待確認票所的主管員主監員已被告知可離開區公所後，為何區選務中心又拖了2、3個小時才登錄中選會計票系統？
本院詢問臺北市登錄耗時最長(7小時22分)的文山區票所主管員主監員表示，離開時應該是10點多，沒有聽說票數這麼晚(1:42)才登錄進去，真的都不知道有此狀況；詢問士林區登錄耗時最長(7小時4分)的票所主管員表示，差不多12點左右離開區公所，至於為何會到2:09才將票數登錄真的不清楚。主管員主監員被告知可離開區選務中心就表示經確認沒問題，可是卻隔了2、3小時才登錄，到底為什麼，北選會也沒給個說法。
五、臺北地院判決中已明確認定部分票所確有票袋未彌封或有開拆痕跡、以指印領票無人證明、票數不符等重大選務瑕疵，部分區選務中心登錄耗時甚久，其中有無不法的人為因素難道不應查清楚嗎？
據臺北地院108年11月5日函復本院公文表示，法院僅重新計票，至於開票監票程序有無瑕疵，並不在勘驗選票後重新計票範圍內，因臺北地院未明確函復說明驗票發現的選務瑕疵，故以判決中所記載為準。而臺北地院107年度選字第7號民事判決中已明確認定部分票所確有「票袋破損、未彌封、彌封處未蓋騎縫章或有開拆痕跡」(第79頁)、「選舉人名冊以蓋指印領票但無證明人印章或僅有1個證明人印章」(第80-84頁)、「選舉人名冊核章數與投開票所報告表所載領票數不一致」(第91-94頁)、「用餘票票數不符」(第94-95頁)等重大選務瑕疵。尤其判決載明萬華區1196號及中山區872號投開票所，是整本皆無證明人蓋章。惟按指印領票者應有管理員及監察員各1人蓋章證明之作為義務為法規所明定，且工作人員經過教育訓練也知悉，北選會所轄部分票所工作人員顯然違反上開規定而有重大瑕疵，何以北選會仍稱無違失。
本院想進一步查明蓋指印領票而無證明人蓋章的原因，但北選會卻以法院及檢察官始有職權查閱選舉人名冊而拒絕提供，妨礙本院查明真相。既然北選會表示檢察官才有權限，本院自會將調查報告函請臺北地檢署續查有無不法。
六、依中選會選舉資料庫網站資料所呈現臺北市長選舉主要候選人得票數差額曲線，不解為何與當日各大媒體報導開票所票數呈現的明顯不同？
當時有全程直播開票過程的5家媒體(三立、民視、台視、東森、聯合)，在22:40~23:15時段皆呈現丁守中得票數略高於柯文哲數百票之情形，其餘時段票數互有領先或有微幅差距，而依中選會選舉資料庫網站資料，丁守中除於當晚17:41:46~17:42:00曾短暫贏數十票外，其餘時段皆輸柯文哲，2人得票數差額曲線與媒體呈現者顯有差異，以下以三立圖形代表與中選會圖形比較如圖片：
為查明其中緣故，請北選會提供每個投開票所完成開票後製作的投開票報告表，北選會竟表示因報告表第一聯已受臺北地院查封，第二聯由各區公所(選務中心)處置，爰北選會無資料可提供。惟報告表第三聯依規定應張貼於票所門口供民眾閱覽，亦可拍攝，係屬公開資訊，而報告表是一式3份採複寫方式填寫，另2份當然也是公開資訊，為檢視第一、二聯內容是否相同，北選會竟拒絕提供公開資料。
又請中選會提供按登錄順序的各票所編號及票數，中選會竟表示各區選務中心上傳的票數立即加總，基於電腦效能考量，該會電腦計票系統現存僅餘最後計票結果。惟以臺北市長選舉而言，總共1,563個票所的票數，以目前電腦儲存容量及運算能力而言，應不至於無法負荷。就像考試考10科，僅告訴考生加總後的總分，而無法告知每科分數，因為加總後逐筆資料就不見，此說法顯然不合常理而難以接受。
七、此次開票情形顯示，將票所牆上的記票紙票數抄寫至投開票報告表，再送交區選務中心登錄的過程，臺北市1,563個票所中竟有354個有錯誤待確認，錯誤率竟高達22.6%，監委呼籲候選人最好自行在唱票完畢後將選區內票所的記票紙拍照存證
由於中選會訂頒的107年工作人員手冊已將原有「……並應即向觀眾席民眾宣布，『投票完畢，經清點結果，領票人數○○人』」之文字刪除(取消開票前應先清點確認領票人數之程序)，致使現場民眾無法知悉多少人領票，自無從據以稽核用餘票數，更可能影響選舉結果正確性。復參酌107年選舉經驗，臺北市1,563個票所中竟有354個有誤待確認，錯誤率竟高達22.6%，監委呼籲日後為協助北選會維持選舉正確性，候選人宜自行將票所記票紙拍照存證，以避免北選會在傳抄過程中產生無法理解的人為疏失。