審計部於「106年度中央政府總決算審核報告」提出審核意見－「農業委員會推動農田水利會（將來）改制為公務機關，將灌區外農地納入農田水利建設，以提升灌溉水權及確保糧食安全，改制後水利建設範圍較改制前遼闊，且部分農田水利會無償照舊使用他人土地面積龐巨、土地遭占用或員工退撫制度未盡周全，亟待『預為』籌謀因應。」（該部列為「預警性」審核意見）前經監察院財政及經濟委員會認為符合「監察院立案派查原則」第3點第(七)款「因循苟且、怠惰失職……」，決議推派查4位委員調查。監察院財政及經濟委員會暨內政及少數民族委員會聯席會議於108年12月4日上午經過2個半小時的討論後，已通過該調查報告。
然參與該案調查之監察委員田秋堇指出，她在參與調查後發現，「農田水利法(草案)」目前尚在行政院審查中、甚至尚未送至立法院審查，則監察院在該法案於行政院研擬階段即針對其立法規劃立案調查並提出意見，恐會引發院際爭執，故田秋堇監察委員並不認同該調查報告，也未簽署，並提出不同意見之調查報告，理由如下：
一、臺灣之農田水利會自早期由私人興建，到日治時期與「官設埤圳」合併為38個「水利組合」，再演變至目前具公法人身分之17個農田水利會，原有其特殊之歷史背景。
又因農田水利會依法律肩負推行農田水利事業之公法人角色，且財產公私定性亦不明確，復以其財務上對政府之依賴甚深，故早有改制為公務機關之議（「農田水利會組織通則」也確曾於82年間修正改制為遴派，並限期將其改制為公務機關）；然其改制後之資產、負債如由國家概括承受，牽涉財產權保障之課題仍待釐清，加以各水利會因財務及運作狀況懸殊，以至於對如何改制持有不同意見，因而農田水利會之改制及其相關配套與立法規劃，係具高度政治意涵之議題，且攸關各農田水利會及其會員與職員權益至鉅，其如何改制，本應審慎為之。
二、有鑑前述農田水利會之特殊性及所面臨之問題，「農田水利會組織通則」第23條、第35條及第40條條文於107年1月31日修正公布，確定將農田水利會改制為公務機關，現刻由行政院依該通則第40條第3項「農田水利會之改制及其資產處理、職員工作權益保障等事項，另以法律定之」之規定，進行「農田水利法(草案)」之研擬及審查作業中。
茲因該法案攸關農田水利會會員與職員權益、資產處理及水利事業興革等重要事項，當屬高度之立法政策之範疇，且審計部所提上開「預警性」審核意見，亦早經函送農委會參考，並於「農田水利法(草案)」中作相關規範，而該法案既然仍在行政院審查中，本院實當尊重行政院本諸行政權之全盤考量，以及立法院基於立法權之立法權衡空間。
三、其次，本次財政及經濟委員會暨內政及少數民族委員會通過之調查報告，係根基審計部之「預警性」審核意見，而針對農田水利會改制為公務機關之相關配套及「農田水利法(草案)」立法規劃提出意見，但其關注之論點已於草案中進行相關規範（草案第4、5、12、20、21、23、24及27條參照），至於草案之內容是否妥適，以及是否增加國家財政負擔及其財源為何，因屬高度立法政策範疇，實有待行政院全盤考量後，再送請立法院審議定案。
四、再者，本案審計部針對農田水利會將來改制為公務機關所可能面臨的問題，雖於「106年度中央政府總決算審核報告」提出審核意見（已先函請農委會參處），然其既經該報告明確列屬為「預警」類型，並隨同該報告送立法院、行政院主計總處等機關，當已發揮審計法第69條第3項之預警功能；況該預警性審核意見亦未見有「監察院立案派查原則」第3點第7款所稱「因循苟且、怠惰失職，致施政缺乏效率、效能或浪費公帑」之情事，故本案實無於現階段提出調查報告之必要。
五、綜上，監察院暫不宜於「農田水利法(草案)」研擬階段即針對行政院立法規劃立案調查並提出調查意見，以免招致干預行政權及立法權之質疑，而引發院際爭執，實應在上開草案經立法院審議通過並公布後，如發生執行上之違失或發現立法上偏差，再行考量是否立案查究相關違失責任或提出修法之建議，較為妥適。