位於高雄、臺南交界的二仁溪，早年因廢五金回收業者從國外進口廢電線電纜、廢鋁線、鋅渣……等廢五金加以焚燒、酸洗，聚集許多廢五金回收與提煉的工廠，廢五金再處理產生之廢棄物大多於沿岸就地棄置與掩埋，二仁溪沿岸污染事件至今仍層出不窮。106年6月起陸續發現多處陳年的有毒事業廢棄物堆置點，對生態環境、河川水質造成嚴重威脅。位於二仁溪北岸，尚有三處早期電子廢棄物的棄置場所；另於二行娘娘廟旁，原為魚塭處遭人掩埋四層太空包，經臺南市政府環境保護局查證內容物為鋁渣，然至107年10月仍堆置於堤防外尚未清除。監察委員田秋堇及蔡崇義為瞭解權責機關處理之實情，特立案調查。

　　經監察院調查發現，行政院對於行政院環境保護署（下稱環保署）及經濟部水利署（下稱水利署）等機關處理二仁溪流域多處裸露的陳年事業廢棄物棄置點，肇致清除處理主管機關不明、權限不清等缺失，以及該流域南萣橋之大量事業廢棄物是否移除等問題，未能居於領導者地位，積極介入協助釐清主管機關管轄爭議，並協助審慎妥處棄置點之大量事業廢棄物，使爭議延宕迄今未解，允有檢討改進之必要。

　　再者，臺南市政府對於不肖民眾違法掩埋廢棄物案件，事前未能積極查處，事後復未對廢棄物清除處理流向加強監督掌控，致使全案延宕十餘年未能妥處，斲傷政府機關執法形象，允應檢討改進。另環保署允宜提出廢棄物清理法修正草案，使主管機關於確認廢棄物清理義務人及限期清理同時，即有權對其財產執行假扣押，避免不肖民眾脫產而無法求償或及時代為履行清理義務。

　　案經兩位監察委員持續追蹤改善情形後，臺南市政府已完成二仁溪橋下消波塊底下廢棄物就地固化作業，其餘廢棄物堆置點各權責機關刻正陸續清除中。有關二仁溪清除處理機關權責爭議部分，環保署及水利署已協調分工處理原則，依據行政院主持「二仁溪棄置廢棄物及環境改善研商會議」決議，環境調查及廢棄物去化（包含暫置）由環保署負責，水利署則負責打包移除。此外，環保署已於108年6月26日邀集學者專家，召開廢棄物清理法第71條修正草案之專家諮詢會議，學者專家意見在於修正草案內容，結合代履行得先預估費用後命義務人繳納，不繳納即可進行假扣押，有助於法律之明確性。

　　二仁溪經過公私部門多年來通力合作的整治，耗費預算金額新臺幣數十億元，才讓二仁溪擺脫全臺污染最嚴重的惡名，嚴重污染長度由92年的65.2公里下降至108年的10公里，嚴重污染長度比率由100％降至15.3％，逐漸脫離嚴重污染程度，成為河川改造的最佳典範，現今二仁溪流域已成為適宜休憩的場址，亦為環境教育行動學習基地。維護健康安全的生活環境就是維護民眾的基本人權，監察院將持續關注權責機關對二仁溪廢棄物清除處理進度及環境改善情形，以維護民眾生活環境之永續發展。