107年3月間爆發國家運動訓練中心（下稱國訓中心）前執行長大量進用新人，不當將選手訓練經費新臺幣（下同）296萬元挪作人事費，致該經費由盈轉虧，無法提供國家級運動選手良好伙食等爭議，國訓中心不當擴編組織架構的行為也浮出檯面，備受質疑。

　　經監察院調查發現，國訓中心自該前執行長上任後，即大幅修改該中心組織章程，將原本扁平化之組織架構比照行政機關科層化組織擴大編制，由原本3層管理層級調增至6層，組織設計由原5處3組擴增到9處17組；且在薪酬體系的改造上，則將原訂之單一薪俸，調整為本薪及主管加給，各級員工本薪依各等階敘薪，兼組長以上主管職務者另給予主管加給，106年5月至107年10月人事費補助款溢發主管加給高達近175萬元，伙食經費不當支應廚務人員人事費用，導致伙食經費由盈轉虧，未能提供教練選手優質膳食；另自106年至107年3月間，該中心大量聘僱新進人員，不當勻支「體育役優秀選手計畫」及「亞奧運、世大運選手計畫」支應該中心行政人員薪資近58萬元，排擠選手訓練經費等不當支用經費情事發生。

　　以上種種，監督機關教育部體育署（下稱體育署）卻以國訓中心為行政法人自主性之地位，較難干涉其進用人員及管理營運之法定權責為由，無法予以導正，直到選手訓練經費被挪作人事費等爭議爆發後，體育署才介入查處，責成國訓中心檢討改正。

　　國訓中心改制為行政法人，是希望透過簡單、靈活的扁平化管理，提供教練及選手完善、專業後勤支援與服務，但上述作法完全與行政法人設立目的背道而馳，體育署卻未能發揮監督機關職責嚴加導正，監察院據此糾正體育署，促其檢討改善。

　　目前體育署也虛心檢討改進，每年至少實施2次不定期實地財務查核，之前溢發薪資之人事費補助款也已繳回，並導正之前大幅調整之組織架構，逐步重回正軌，以繼續維持選手培訓後勤的支援品質。行政法人的法規鬆綁並非可以恣意而為，監督機關更應負起督導的角色，避免因人治問題而影響或甚至破壞行政法人的設立目的。