據前行政院衛生署（已改制為衛生福利部）國民健康局102年5月16日發布之新聞稿略以：菸品健康福利捐分配於全民健康保險安全準備（70％）、癌症防治（5.5％）、提升醫療品質（4％）、補助醫療資源缺乏地區（2.5％）、罕見疾病等之醫療費用（2％）、經濟困難者之保險費（6％）、中央及地方之菸害防制（3％）、衛生保健（3％）、社會福利（3％）、私劣菸品查緝與防制菸品稅捐逃漏（1％）、菸農及相關產業勞工之輔導與照顧等。因菸品健康福利捐與一般稅收之不同，在於「捐」為專款專用，應依法令指定用途使用。然由審計部「105年度中央政府總決算審核報告」可知，部分地方政府獲得分配後，依規定應用在查緝私劣菸品的菸捐部分，卻出現未專款專用，財政部亦未落實查核作為。

監察委員仉桂美、江綺雯、江明蒼關心國人健康人權，為避免查緝私劣菸品的菸捐被挪作他用，影響查緝成效，經立案調查發現：1.部分地方政府將查緝經費運用於支付其他人員薪給、聯誼餐費與購置摸彩品、支付國外研習費用、員工文康活動、對外部機關之招待或餽贈費用、購置影印機及多功能事務機、印製地下停車場收入及證照費等表單、參加土地稅相關講習及公益彩券成果發表會、參加台華輪遷建事宜及印製規費表單等違失，顯然有違專款專用原則。2.財政部對於地方政府獲配查緝經費之支用情形，長期以來僅消極以函文要求地方政府應依專款專用原則辦理，惟全然未派員實地查核，顯未落實執行菸捐經費運用要點所定之實地查核機制，致地方政府運用查緝經費之違失持續多年。

案經監察院糾正財政部，並持續追蹤後，財政部已於107年8月28日函頒修正「菸品健康福利捐供私劣菸品查緝及防制菸品稅捐逃漏經費運用要點」第4點和第5點，明定地方政府如經查獲有違反專款專用規定情事，每案將扣減總獲配數額5％，以促地方政府遵守規定；另為督促地方政府妥善運用查緝經費，並落實專款專用，財政部將每年實地前往地方政府抽查經費支用情形；並已於107年7月至9月間派員赴相關縣市進行實地查核。